As regiões portuárias representam os principais sítios de inoculação e dispersão de espécies invasoras via água de lastro. Esta Tese objetivou avaliar a distribuição sazonal das variáveis limnológicas, do ictiopâncton, dos crustáceos decápodes e dos moluscos na Área de Influência Direta – AID, do porto de Santarém, bem como realizar a avaliação de risco de introdução de espécies não indígenas – NIS, no rio Tapajós. As variáveis limnológicas foram aferidas na subsuperfície da coluna d’água entre novembro de 2017 e setembro de 2018. Foram mensurados a temperatura, oxigênio dissolvido, pH, condutividade elétrica, turbidez, fosfato, amônia, nitrato, nitrito e clorofila-a. O ictioplâncton foi capturado com redes de plâncton com abertura de malha de 300 µm, no mesmo período de coleta das variáveis limnológicas. Os crustáceos foram capturados com armadilhas fixas, puçás e peneiras entre fevereiro de 2016 e janeiro de 2017. Os moluscos foram coletados com espátulas, amostrador de sedimento, draga e peneiras entre janeiro e dezembro de 2018. A influência das fases do regime hidrométrico do rio Tapajós sobre as variáveis limnológicas, densidade larval, abundância absoluta e abundância relativa do ictioplâncton foi avaliada através de uma ANOVA (one way, p <0,05). A PCA possibilitou o ordenamento das variáveis limnológicas, considerando as fases hidrométricas. A influência das variáveis limnológicas sobre a densidade do ictioplâncton foi avaliada por meio de uma RDA. A riqueza, índice de diversidade de Shannon e dominância das assembleias de crustáceos e moluscos foram estimados. A ANOVA foi realizada para avaliar possíveis diferenças na abundância dos crustáceos e moluscos entre locais de captura e fases hidrométricas. A Avaliação de Risco – AR, foi conduzida para portos doadores de água de lastro ao porto de Santarém, entre 2014 e 2019. A AR incluiu uma análise de similaridade ambiental e de espécie-específica. Também foram analisados os formulários de água de lastro deste período. Os valores de pH, oxigênio dissolvido e nitrato apresentaram diferença significativa entre as fases hidrométricas. O ictioplâncton foi composto por oito espécies representadas, principalmente, pelas famílias Engraulidae, Hemiodontidae e Achiridae. Foram capturados 1371 espécimes de crustáceos, distribuídos em seis espécies e 903 espécimes de moluscos agrupados em nove espécies. Foram descarregados 3.650.018,6 t de água de lastro no porto de Santarém. Cerca de 83,1% do volume total descarregado foram submetidos a troca oceânica. Os navios oriundos dos portos estuarinos de Rotterdam, Cabedelo, Aughinish e Montoir e das bioregiões do mar Mediterrâneo e do Atlântico Oeste apresentaram alto risco de introdução de espécies devido à presença de NIS, que podem ser transportadas na água de latro e capazes de se estabelecer no rio Tapajós. O monitoramento regular da biota aquática no entorno dos principais portos amazônicos deve ser realizado para prevenir a introdução de NIS. Estes resultados servem como base para a tomada de decisão sobre a construção de novos portos na Amazônia e como referência para programas de monitoramento e controle de invasões biológicas, conforme recomenda a Convenção Internacional para o Controle e Gerenciamento da Água de Lastro e Sedimentos de Navios.