O presente estudo teve por objetivo avaliar a influência das variáveis físicas e químicas da água sobre a composição, densidade e biomassa fitoplanctônica no estuário do Emboraí Velho. As coletas foram realizadas em campanhas de 25 horas, em 2 estações amostrais fixas, durante marés de sizígia, nos meses de janeiro e abril (período chuvoso), agosto e novembro (período seco) de 2018. Os valores de temperatura e salinidade foram obtidos in situ com auxílio do CTDO’s, enquanto que para a determinação do pH, oxigênio dissolvido, turbidez, nutrientes dissolvidos e concentração de clorofila-a foram coletadas amostras na subsuperfície da água, com auxílio de garrafa de Niskin. Para o estudo qualitativo do fitoplâncton, as amostras foram coletadas através de arrastos horizontais realizados na coluna d’água, com auxílio de redes cônicas de plâncton (64 µm). Para o estudo quantitativo, foram coletadas amostras subsuperficiais através das garrafas de Niskin, as quais foram posteriormente analisadas em laboratório. Foram observadas variações sazonais para alguns os parâmetros hidrológicos, sendo os valores de turbidez (128,3 ± 116,2 UNT) significativamente mais elevados no período chuvoso, enquanto que a temperatura (28,7 ± 0,3°C), a salinidade (25,6 ± 6,3), o pH (7,7 ± 0,5) e as concentração de oxigênio dissolvido (5,6 ± 0,9 mg.L-1) apresentaram valores mais elevados durante o período seco. As concentrações de nitrito e nitrato apresentaram maiores valores no período chuvoso (0,34 ± 0,14 µmol.L-1 e 9,85 ± 2,45 µmol.L-1, respectivamente), enquanto os valores de fosfato inorgânico (0,18 ± 0,05 µmol.L-1) e silicato (36,57 ± 10,58 µmol.L-1) foram mais elevados durante a período seco. Foram identificados 189 táxons distribuídos entre os filos Bacillariophyta, Miozoa, Cyanobacteria, Chlorophyta e Euglenophyta, destacando-se as diatomáceas (89,4%). A espécie com maior abundância relativa foi Trieres chinensis (14,0%, pouco abundante) e a espécie mais frequente foi Skeletonema tropicum Cleve (95,0%, muito frequente). As densidades apresentaram os maiores valores durante o período seco, sendo o microfitoplâncton a fração firoplanctônica quantitativamente dominante neste período. As concentrações de clorofila-a (13,9± 9,28 mg.m-3) foram mais elevadas durante o período chuvoso. A análise de agrupamento resultou na formação de dois grupos sazonalmente definidos. A salinidade, turbidez e o nitrato foram os principais controladores da densidade e biomassa fitoplanctônica do local. Os resultados obtidos sugerem que a dinâmica da comunidade fitoplanctônica no estuário do Emboraí Velho esteve fortemente influenciada pela pluviosidade da região, pois a mesma influencia diretamente a hidrodinâmica e a dinâmica fioplanctônica local.