Objetivou-se com esse estudo caracterizar a estrutura populacional, a diversidade genética e
estimar as relações de parentesco em rebanhos de ovino Santa Inês criados no Meio-Norte
brasileiro, através da utilização de marcadores moleculares. Para tanto, coletou-se sangue de 257
ovinos Santa Inês de seis diferentes populações nos estados do Piauí e Maranhão. O DNA
extraído foi qualificado por eletroforese em gel de agarose. Para análises com microssatélite,
foram realizadas PCRs a partir de 20 loci recomendados pela FAO. As amostras amplificadas
foram genotipadas por eletroforese em gel de poliacrilamida e revelação em nitrato de prata. As
análises foram realizadas em diversos programas estatísticos para caracterização populacional,
diversidade genética e estimação das relações de parentesco. Para as análises com SNP, o painel
Ovine SNP50BeadChip foi utilizado para genotipagem dos indivíduos, sendo utilizado 47.069
SNPs para gerar a matriz de parentesco. As análises de controle de qualidade foram realizadas
através do programa PREGSF90 da família deprogramas BLUPF90.No Capitulo 1, foram
estimados parâmetros populacionais para análise da estrutura populacional e diversidade
genética. Todos os loci apresentaram-se altamente polimórficos e com alto poder de
descriminação, mostrando-se importantes para esse estudo. Os marcadores demonstraram alto
potencial para inferir parentesco, apresentando probabilidade de exclusão maior que 0,74. Cinco
dos seis rebanhos apresentaram desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg. O nível de diversidade
genética apresentou uma média de 0,89 ± 0,2, mostrando que os rebanhos possuem alta
variabilidade genética. Foram detectados indícios de gargalo e erosão genética, indicando que as
populações estudadas apresentavam moderada diferenciação genética, com ocorrência de
migração entre as fazendas. No Capitulo 2, estimou-se as relações de parentesco utilizando
marcadores microssatélite e SNP. Para tanto, foram geradas matrizes de parentesco genômico
dos indivíduos estudado. Com os marcadores microssatélite, a relação foi estimada através do
programa coancestry pelo estimador DyadML em diferentes painéis utilizando 10, 12, 15 e 19
loci. Todos os painéis foram capazes de estimar a relação e inferir quatro categorias de
parentesco, sendo irmãos completo (IC), meio irmãos (MI), pai-filho (PF) e não relacionada
(NR). Contudo, à medida que diminuiu o número de marcadores aumentou a variação em torno
dos valores de parentesco que é esperado para cada categoria. A matriz de parentesco gerada
pelo marcador SNP apresentou valores de parentesco variando de 0 a 0,66, com média de 0,04,
corroborando com os valores encontrados nos microssatélites. Além disso, a matriz de
parentesco SNP apresentou-se altamente correlacionada com as matrizes geradas nos quatro
painéis de microssatélite. Os resultados encontrados indicam que rebanhos Santa Inês presente
na região Meio-Norte do Brasil apresenta alta variabilidade genética com moderada estruturação
populacional. As estimativas de parentesco realizadas através de microssatélites foram capazes
de estimar a relação entre indivíduos com confiança de 95%, indicando a aplicabilidade desse
marcador para estimarem parentesco. Assim, metodologias como essas podem ser inseridas em
programa de melhoramento e conservação de recursos genéticos, oferecendo ganho tanto para a
espécie como para os produtores.