A transferência de embriões frescos resulta em maior taxa de gestação comparada à transferência de embriões criopreservados, sugerindo comprometimento do estabelecimento da gestação após criopreservação. Este estudo objetivou avaliar o efeito da técnica de criopreservação (vitrificação ou congelação lenta) de embriões ovinos produzidos in vivo, na taxa de sobrevivência e perfil de expressão de genes relacionados à apoptose (BAX, BCL2), proliferação e diferenciação celular (TGFB1), respiração celular (NFR1), manutenção da pluripotência (NANOG) e implantação (CDX2). Trinta e duas ovelhas foram submetidas à superovulação e posterior coleta de embriões. Os embriões obtidos foram classificados quanto ao estágio de desenvolvimento e qualidade. Os embriões GI e GII foram uniformemente distribuídos dentro dos grupos experimentais: CONT) blastocistos frescos (n=15); CONG) congelação lenta (n=42); ou VIT) vitrificação (n=43). Os embriões CONT foram congelados a seco em três pools de cinco embriões, para posterior RT-qPCR. Os embriões CONG e VIT após descongelamento/aquecimento, respectivamente, foram alocados para análise de expressão gênica ou cultivo in vitro (24 e 48 h) em meio SOF com aminoácidos suplementado com 2,5% soro fetal bovino, a 38,5 °C e 5% CO2 (CONG: n=27; VIT: n=28). As taxas de sobrevivência de CONG e VIT foram, respectivamente, 29,6% (8/27) e 14,2% (4/28) em 24 h; e 48,1% (13/27) e 32,1% (9/28) em 48 h (P > 0,05). Independentemente da técnica de criopreservação, o gene CDX2 foi super expresso (P < 0,05) quando comparado ao CONT. A expressão dos genes BAX, BCL2, TGFB1 e CDX2 foi aumentada no grupo VIT (P < 0,05) quando comparados ao CONT. Contudo, quando as duas técnicas de criopreservação foram comparadas, apenas o gene BAX foi super expresso (P < 0,05) no VIT, em comparação com o CONG. Esses dados sugerem que o decréscimo de 16% (não-significativo) na taxa de sobrevivência, observado no grupo VIT, pode estar associado ao aumento na expressão do gene pró-apoptótico (BAX). Em conclusão, a técnica de vitrificação levou a um decréscimo de 16% (não significativo) na taxa de sobrevivência do embrião e aumento do gene pró-apoptótico.