O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade microbiológica da cama do sistema de confinamento Compost Barn, a qualidade do leite, composição, CCS (Contagem de Células Somáticas) e CPP (Contagem Padrão de Placas). O estudo foi realizado entre outubro de 2017 a dezembro de 2018, em intervalos de dois meses. Para a cama, a amostragem foi caracterizada quanto à superfície, com 10 e 15 cm de profundidade, onde foram determinadas as contagens bacterianas para microrganismos aeróbicos mesofilos totais, Staphylococcus spp., Enterobacteria spp., Clostridium spp., Streptococcus spp., fungos e leveduras, bem como como pH, umidade e temperatura da cama. Em relação ao leite, foram avaliados microrganismos aeróbios mesófilos totais, Staphylococcus spp., Enterobacteria spp., Clostridium spp., Streptococcus spp., bem como a composição física, CCS e CPP. A temperatura ambiente dentro do galpão (máx. 23,5°C e mín. 13,2°C) estava próxima da temperatura da superfície da cama (máx. 26,34°C e mín. 16,32°C), sendo observados na superfície, os valores mais baixos, em relação às profundidades de 10 e 15 cm (máx. 46,24°C e mín. 24,15°C) e (52,22°C e 27,91°C), respectivamente. Com o aumento da temperatura, houve redução na contagem de alguns microrganismos como Streptococcus spp. Enterobacteria spp., Staphylococcus spp. e leveduras, principalmente quando a temperatura foi superior a 46°C. Enquanto o gênero Clostridium spp. apresentou contagens elevadas durante todas as coletas. Os fungos dos gêneros Rhizopus, Penicillium, Bipolar e Fusarium foram predominantes na cama. Porém, somente as duas últimas coletas em 10 e 15 cm de profundidade alcançaram a temperatura ideal (45-55°C) para a inibição de microrganismos patogênicos. A produção de leite apresentou correlação negativa de 43% para gordura e 62% para proteína, já para lactose houve correlação positiva de 33%. A lactose apresentou correlação negativa de 41% com CCS e 31% para CPP. O aumento da carga microbiana do leite pode resultar em contaminação e, consequentemente, levar a uma alteração na composição, uma vez que a carga microbiana influenciou o aumento da CCS e CPP do leite. Em relação à cama, a temperatura apresentou correlação negativa de 88% com a umidade, 20% para aeróbicos mesofilos totais, 87% para o Streptococcus spp. e 68% para Enterobacteria spp.; além de uma correlação positiva de 73% para Staphylococcus spp. Pode-se observar que a à qualidade microbiológica e à composição do leite podem estar relacionados a microbiota da cama.