Objetivo: Comparar a prevalência dos distúrbios gastrointestinais funcionais em lactentes nascidos prematuros com a de lactentes nascidos a termo, utilizando os critérios de Roma IV. Adicionalmente, avaliar se procedimentos invasivos no período neonatal se associam com maior chance de desenvolvimento de distúrbios gastrointestinais funcionais em lactentes nascidos prematuros. Métodos: Estudo transversal controlado aninhado em uma coorte retrospectiva de lactentes nascidos prematuros que foram comparados com lactentes nascidos a termo quanto à presença de distúrbios gastrointestinais funcionais. No grupo dos prematuros, lactentes nascidos com idade gestacional < 37 semanas foram incluídos no estudo e, no grupo dos termos, lactentes nascidos com idade gestacional > 37 semanas e peso de nascimento acima de 2500 gramas foram incluídos. Foi realizada consulta médica por uma única pediatra gastroenterologista para obter informações sobre o período gestacional e neonatal e informações sobre manifestações clínicas digestivas. Foram utilizados os critérios de Roma IV para o diagnóstico dos distúrbios gastrointestinais funcionais. Resultados: Foram estudados 197 lactentes (<24 meses), 99 prematuros e 98 nascidos a termo. Regurgitação do lactente foi mais prevalente nos lactentes nascidos a termo (35,1% e 15,6%, p<0,001). A prevalência dos outros distúrbios gastrointestinais funcionais em lactentes nascidos prematuros não foi diferente, de acordo com a análise estatística, em relação aos nascidos a termo, sendo, respectivamente: cólica do lactente (10,7% e 4,3%; p=0,360), constipação intestinal funcional (17,2% e 9,2%; p=0,098), diarreia funcional (4,6% e 0,0%; p=0,274) e disquesia do lactente (9,3% e 7,5%; p=0,735). Não foi encontrada relação entre procedimentos invasivos realizados no período neonatal e maior risco para desenvolvimento de distúrbios gastrointestinais funcionais nos prematuros. Conclusão: Na população estudada, lactentes nascidos prematuros não apresentaram maior prevalência de distúrbios gastrointestinais funcionais e não se encontrou nos nascidos prematuros relação entre procedimentos diagnósticos e terapêuticos invasivos e o desenvolvimento de manifestações gastrointestinais.