Objetivos: Comparar os metabólitos urinários dos subconjuntos de ácidos orgânicos, acilcarnitinas, aminoácidos correlacionados ao metabolismo energético, além da creatinina, entre mulheres com e sem Cistite Intersticial (CI)/Síndrome da Bexiga Dolorosa (SBD). Métodos: O jato médio da primeira urina da manhã de 20 mulheres com CI e 20 mulheres saudáveis (sem queixa urinária) foi coletado e processado para obtenção de um filtrado da amostra. A partir deste, realizou-se a extração dos metabólitos através do método de precipitação de proteínas, seguido da análise de metabólitos-alvo com Cromatografia Líquida de Ultra Performance acoplada à Espectrometria de Massas (UHPLC-MS). A quantificação de cada metabólito-alvo foi realizada com base na curva de calibração externa de padrões analíticos e avaliada por testes estatísticos não-paramétricos. Resultados: As concentrações urinárias do ácido málico, ácido quinurênico, ácido succínico, ácido úrico, creatinina e leucina diferem para as mulheres com CI/SBD comparado às mulheres sem queixas urinárias, sendo maior a concentração urinária do ácido úrico para tais mulheres sintomáticas. Conclusão: As mulheres portadoras de CI/SBD apresentam na urina uma diferença de metabólitos correlacionados ao metabolismo energético, os quais podem ser possíveis candidatos a biomarcadores para tal síndrome.