A Política Nacional da Alimentação Escolar (PNAE) é planejada para atender os alunos da rede pública de ensino, ofertando refeições que venham atender as exigências nutricionais, de boa qualidade e seguras. Sabendo que há profissionais nutricionistas elaborando o cardápio e garantindo a oferta de uma alimentação saudável, surge a preocupação quanto à qualidade no processo de produção desta alimentação nas cozinhas das escolas. O objetivo desse estudo foi avaliar as condições higiênico-sanitárias e a qualidade dos alimentos de origem animal, na fase de pré-preparo, presentes no cardápio das Unidades de Educação Infantil (UEI) do município de Mossoró-RN atendidas pelo PNAE. Para isso, selecionou-se 30% das UEI (n=12). Após a permissão da Secretaria de Educação municipal realizou-se três visitas as UEI: a primeira para explicar a proposta do trabalho, a segunda em um dia sem aviso prévio para aplicação do check-list e coleta das amostras (carne bovina, frango, leite em pó, água, suabes de bancada, faca de corte de carnes e tábua de carne), totalizando 84 amostras, e a terceira para divulgação dos resultados e sugestões de melhorias. As análises microbiológicas realizadas foram: coliformes a 35ºC e 45ºC, mesófilos, Staphylococcus spp. e Salmonella spp. nas amostras de alimentos e nos suabes de equipamentos e utensílios: coliformes a 35ºC e 45ºC e mesófilos. Posteriormente foram realizadas análises moleculares para identificação e caracterização de Staphylococcus aureus e o estudo do perfil fenotípico de resistência. O resultado do check-list revelou que 83% das UEI encontram-se classificadas como inadequadas para os parâmetros de condições higiênico-sanitárias. Dos itens avaliados o de “manipuladores” apresentou o maior índice de inadequação (75%). Observou-se contaminação de coliformes a 35ºC e 45ºC na água destinada a preparação dos alimentos, uma elevada presença de mesófilos nas bancadas, tábuas e faca para corte de carnes. Em relação aos alimentos, dos 180 isolados de Staphylococcus spp., 96 (53,3%) foram confirmados como Staphylococcus aureus por PCR. Destes, 62 (64,6%) apresentaram genes para produção de enterotoxinas estafilocócicas (A, G e I). O percentual de resistência à oxacilina e/ou cefoxitina foi observado em 100% dos isolados de S. aureus. O gene mec A e mec C foram encontrado em 84,4% e 55,2% dos isolados. As UEI analisadas apresentam inadequações que podem afetar diretamente a saúde de mais de 1800 pré-escolares matriculados expondo-os ao contato com bactérias superresistentes à antibióticos.