As espécies do gênero Trypanosoma são protozoários da família Trypanosomatidae, cujo ciclo biológico se desenvolve alternadamente em mamíferos e insetos reduvídeos. Pouco se sabe sobre quais desses parasitos estão presentes nos morcegos do Maranhão e qual o papel destes na manutenção dos tripanossomatídeos em ciclos silvestres e peridomiciliares. Objetivou-se verificar a presença de parasitas do gênero Trypanosoma que circulam em morcegos dos municípios maranhenses de Turiaçu, Godofredo Viana, Cândido Mendes e Carutapera. A captura dos animais foi realizada em duas campanhas, a primeira em abril/2017 e a segunda em março/2018, com 07 dias de duração cada. Para as coletas foram utilizadas oito redes de neblina que foram armadas das 18:00 às 00:00h e vistoriadas em intervalos de 30 minutos, já o isolamento das espécies de tripanossomas, as amostras de sangue coletadas foram semeadas em tubos contendo um meio de cultura bifásico. O sangue obtido foi utilizado para a confecção de três lâminas de esfregaços sanguíneos, por amostra, que foram corados com Giemsa e analisados no microscópio óptico. Para análises moleculares amostras de sangue, baço e fígado dos animais eutanasiados foram coletadas. A extração de DNA foi realizada de acordo com o protocolo estabelecido pelo Kit GeneJet Genomic DNA Purification e amplificação foi realizada usando os marcadores moleculares V7V8 e o gGAPDH. Um total de 82 morcegos foram capturados. Não identificamos parasitos nos esfregaços sanguíneos, porém houve 4 culturas positivas para Trypanosoma, entretanto elas não se estabeleceram. 57 amostras de tecido (sangue, baço e fígado) dos municípios de Turiaçu e Candido Mendes foram analisadas e destas 25 apresentaram-se positivas para o DNA barcoding para tripanossomatídeo (V7V8) dos genes SSU rDNA. Posteriormente estas 25 amostras foram testadas para o gene gGAPDH e 11 amostras foram positivas. A diversidade de espécies, a presença constante de morcegos nas áreas estudadas e o encontro de animais positivos evidencia a importância ecológica dos quirópteros e o fato de que estes não devem ser excluídos como potenciais reservatórios para tripanossomatídeos de interesse médico.