A produção de camarão em sistema com bioflocos (BFT) mostra-se como uma alternativa sustentável e economicamente viável. Impulsionado pela ocorrência de enfermidades virais na carcinicultura, o emprego deste sistema de cultivo, considerado como mais biosseguro, está presente em diversos países produtores, inclusive no Brasil. Entre seus aspectos positivos estão a reciclagem da água, reuso contínuo de nutrientes, diminuição do impacto ambiental e fonte adicional de alimento. Neste estudo foram avaliadas algumas respostas moleculares de defesa no camarão branco do Pacífico, Litopenaeus vannamei, mantido em BFT, após desafio experimental com o vírus da síndrome da mancha branca, WSSV. Paralelamente, foi investigado o possível efeito da infecção viral sobre o perfil da microbiota intestinal dos camarões e sua relação com a microbiota aquática do sistema de cultivo. Espécimes juvenis (n=168) foram aclimatados por 15 dias, sendo 84 camarões mantidos em tanque com água clara (ACT), em um volume de 500 L, com renovação contínua, e 84 em tanque com BFT maduro, com capacidade para 1000 L, com troca zero de água. Após aclimatação, os camarões de ambos os sistemas foram individualmente desafiados com o WSSV, por meio de um inóculo contendo uma carga viral média (5,3 x 104 vírus.ml/camarão), enquanto outros foram injetados com solução salina estéril (grupo controle). Hepatopâncreas, intestino, brânquias e hemócitos foram coletados na pré-infecção e 48h pós-infecção. A quantificação do número de transcritos dos genes alvo foi realizada através de PCR em tempo real quantitativa (qRT-PCR). O número de transcritos dos genes QM e Ran, envolvidos diretamente com as respostas celulares de defesa, foi significativamente maior (p<0,05) nos camarões infectados com WSSV, em comparação aos não infectados. Em particular, o aumento de transcritos de QM foi relacionado à infecção pelo WSSV, independentemente do tecido ou do sistema de cultivo. Com base nos genes alvo analisados, em 48h pós-infecção, o hepatopâncreas foi considerado o tecido mais responsivo quanto ao perfil de transcritos. Embora tenhamos observado maior mortalidade entre os camarões mantidos em BFT, em relação àqueles mantidos em ACT, os níveis de transcritos foram semelhantes entre os camarões não infectados, mantidos nesses dois sistemas. A caracterização do perfil da microbiota intestinal dos camarões, assim como da microbiota da água, frente à infecção com o WSSV, foi baseada na amplificação de sequências alvo de regiões hipervariáveis do gene 16S rRNA, seguida da análise de sequenciamento de nova geração, NGS (Next Generation Sequencing). O WSSV foi capaz de interferir no equilíbrio do microbioma intestinal de L.vannmei, sendo este efeito mais evidente nos camarões mantidos em ACT. Após a infecção viral, houve prevalência de Cetobacterium spp, independentemente do sistema (BFT ou ACT) e queda significativa (p<0,05) de Bacillus spp nos animais mantidos em ACT. Não foi observada relação entre a microbiota intestinal e a microbiota da água, nos níveis de Filo e Gênero. Observamos que, apesar de biosseguro, com a introdução do WSSV no BFT, a mortalidade dos camarões ocorreu em um intervalo de tempo mais curto, tendo sido mais elevada, em relação ao sistema ACT. Nossos resultados respaldam e reforçam a relevância da caracterização do perfil diferencial de transcritos de genes do hospedeiro mobilizados frente à infecção pelo WSSV, assim como evidenciam a interferência da infecção viral na microbiota intestinal de L. vannamei e a relevância das características inerentes a cada sistema de cultivo.