As antas são consideradas um dos maiores mamíferos terrestres e são grandes dispersores de sementes, tendo um papel importante na preservação e reconstrução de habitats. Esses mamíferos sofrem grande pressão antrópica como a caça furtiva, a fragmentação e a perda de habitats, acarretando o declínio de suas populações. A redução do habitat natural além de ameaçar a vida desses mamíferos, pode favorecer a transmissão de agentes patogênicos, pois aumenta o contato entre fauna doméstica e a fauna silvestre, representando riscos para a saúde desses animais. O presente estudo teve como objetivo detectar a infecção natural por Theileria equi em antas (Tapirus terrestris) na Amazônia brasileira. Foram coletadas amostras de 19 antas cativas em parques zoobotânicos e mantenedores conservacionistas nos estados do Pará (n=18) e Amazonas (n=1). Amostras de sangue total foram coletadas e armazenadas em tubos contendo EDTA para posterior análise molecular. Esfregaços sanguíneos foram confeccionados para pesquisa de trofozoítas de T. equi. A extração de DNA genômico das amostras de sangue foi realizada com um kit comercial e para a pesquisa de DNA de T. equi foi realizada uma PCR com os iniciadores BEC-UF2 e EQUI-R, que amplificam um produto de aproximadamente 392 pares de base. As análises microscópicas dos esfregaços sanguíneos revelaram formas sugestivas de trofozoítas de T. equi em 36,8% (7/19) dos animais examinados. DNA de T. equi foi detectado em 57,9% (11/19) das amostras sanguíneas analisadas. O sequenciamento confirmou os resultados obtidos pela PCR e a análise filogenética revelou a homologia dos isolados de T. equi com os isolados disponíveis no GenBank. As antas mantidas em cativeiro estão infectadas por T. equi nas áreas estudadas e podem atuar como reservatórios e fonte de infecção para os carrapatos vetores.