Foi considerado como hipótese que o fornecimento de grãos de oleaginosas (ricos em ácidos graxos poli-insaturados, ômega 3 omega 6) reduz a população das bactérias metanogênicas ruminais. O presente trabalho teve como objetivo realizar a abordagem metagenômica para avaliar a diversidade bacteriana na fração sólida do conteúdo ruminal, através das sequências gênicas da região conservada 16S rDNA, em resposta a dietas experimentais fornecidas aos bovinos fistulados, recebendo dietas com diferentes grãos de oleaginosas (canola, caroço de algodão, girassol, soja) fontes de ácidos graxos poli-insaturados (omega-3 e omega-6). Diante do exposto, foram utilizados seis novilhos cruzados, machos castrados, fistulados no rúmen, com peso médio de 416,33±93,30 kg distribuídos em quadrado latino 6x6 (seis tratamentos e seis períodos), com duração de 14 dias, sendo 10 dias de adaptação e 4 dias de coletas de amostras, totalizando 84 dias de ensaio, além do período préexperimental em pastagem de 30 dias. Foram realizadas 2.536.247 sequencias de DNA combinadas obtidas para o domínio Bacteria, a flora foi considerada bastante rica e diversa. Os resultados demonstraram que a diversidade bacteriana foi composta por 24 filos bacterianos, sendo os mais abundantes Firmicutes, Bacteroidetes e Proteobacteria. Outros filos com menor diversidade também foram identificados incluindo Eurychaeota, Tenericutes, SR1 Absconditalbacteria, Synergistetes, Actinobacteria, Saccharibacteria, Elusimicrobia, Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Fusobacteria, Lentisphaerae. Foi identificada que há similaridade de 50% na comunidade bacteria dos tratamentos. Este estudo demonstrou que a alimentação com pastagem e as dietas padrão, girassol e soja apresentaram pouca incidência de Archaeas metanogênicas, foram identificadas bactérias que utilizam hidrogênio e reduzem o número de metanogênicas no rúmen, interagindo em simbiose com o intuito de manter o ecossistema ruminal estável.