Introdução: Para receber tratamento com Agentes Antivirais Diretos (DAAs), todos os pacientes infectados pelo HCV no Brasil precisam de uma determinação genotípica do HCV, teste esse que é fornecido pelo governo brasileiro logo após o diagnóstico inicial, assim como o próprio tratamento com DAAs. Avaliamos o perfil genético do HCV de acordo com a região geográfica brasileira, sexo, idade e coinfecção pelo HIV. Métodos: Foram avaliadas 29.071 amostras de pacientes infectados com HCV submetidos à determinação do genótipo (Abbott Real Time HCV Genotype) coletados de março de 2016 a março de 2018. Foram testadas 12.336 amostras selecionadas aleatoriamente para coinfecção pelo HIV, utilizando o kit de teste rápido EIA TR DPP HIV 1/2 Bio-Manguinhos. Análises estatísticas descritivas foram realizadas utilizando o sistema estatístico R. Comparações de grupos de dados foram realizadas usando testes de qui-quadrado. Resultados: A idade mediana global foi de 55 anos (de 18 a 90 anos); 58,7% sendo do sexo masculino. A distribuição geral do genótipo do HCV (G) foi de 40,9% G1a, 30,2% G1b, 23,8% G3, 3,8% G2, 0,7% G4, 0,1% G5 e 0,6% com múltiplos genótipos. A prevalência de G1a foi de 44,4% entre os homens e 35,8% entre as mulheres, e G1b e G2 foram mais prevalentes nas idades mais avançadas que os G1a e G3. O G3 foi mais prevalente na região Sul do que em outras regiões brasileiras. Entre as 12.336 amostras testadas para a coinfecção pelo HIV, 15% (IC 95% = 14,3 - 15,4%) eram HIV +, com uma mediana de idade de 50 entre os pacientes coinfectados em comparação com 57 entre os monoinfectados. 71,1% dos pacientes coinfectados eram do sexo masculino, em comparação com 58,7% dos indivíduos no total. A prevalência de coinfecção pelo HIV foi a seguinte: Sul do Brasil (19,1%), Sudeste (15,6%), Central (10,9%), Nordeste (7,8%) e Norte (4,3%). Conclusão: Este é um relato de prevalência dos genótipos do HCV que é verdadeiramente representativo de todo o país. A alta prevalência de G3 no sul do Brasil representa um desafio extra relacionado à progressão da doença e resposta ao tratamento do HCV, assim como a maior prevalência de G1A, especialmente entre o sexo masculino, genótipo este com menor barreira genética à resistência aos inibidores de protease.