As relações epidemiológicas entre humanos, animais domésticos e animais silvestres são pouco elucidadas, entretanto é de conhecimento que as ações antrópicas causam alterações no meio e acarretam na redução do espaço silvestre, aproximando a vida silvestre ao ambiente humano e aos animais domésticos levando a maiores possibilidades de distribuição de agentes patológicos. Com isso, objetivou-se conhecer a ocorrência de Neospora caninum e Toxoplasma gondii em pequenos mamíferos da mesorregião do Sul da Bahia. Para tal, foram coletados 323 animais de áreas de mata Atlântica e Agroflorestas de cacau (cabruca) situadas nos municípios de Una, Belmonte, Mascote e Ilhéus. Foi feita a extração de DNA a partir dos tecidos de 235 pequenos roedores e 88 marsupiais para análise molecular através da técnica de PCR que resultou em uma positividade de 4,33%, com 1,23% para T. gondii e 3,09% para N. caninum. Através da análise estatística não houve diferença entre as infecções e os locais de captura. Esta foi a primeira análise molecular feita em pequenos roedores e marsupiais da Bahia e apesar da baixa positividade encontrada na região a detecção de DNA desses parasitas sugere que este ambiente pode estar contaminado, principalmente nas regiões próximas a atividades antrópicas.