Mundialmente o desenvolvimento populacional é acompanhado de diversas fontes poluentes, os resíduos oriundos desse crescimento, acabam sendo lançados em corpos d’água. Os peixes da espécie Astyanax lacustris são considerados bons bioindicadores, por serem espécies sensíveis a alterações ambientais, apresentarem grande população e capacidade de acumular contaminantes. A utilização de ferramentas histopatológicas e citogenéticas em trabalhos utilizando peixes são técnicas frequentes e que trazem respostas à curto prazo. Tem-se como objetivo monitorar a qualidade da água do Rio São Francisco utilizando biomarcadores histopatológicos e citogenéticos da espécie A. lacustris. Foram utilizados 150 indivíduos doados pela Companhia de Desenvolvimento do Vale do São Francisco - CODEVASF, enjaulados e expostos por 96 horas aos diferentes efluentes, Tratamento I - Estação de Tratamento de Esgoto – ETE, Tratamento II - Riacho Tourão e Tratamento III – Curtume, localizados em Juazeiro/BA e Petrolina/PE. O Tratamento IV- Controle Negativo (CN) foi realizado nos tanques da CODEVASF e o Tratamento V- Controle Positivo(CP) em aquário no Laboratório de Ictiologia da Universidade Federal do Vale do São Francisco – UNIVASF, utilizando Ciclofosfamida 5 mg/mL intraperitoneal. Após a exposição, o sangue foi coletado e os esfregaços sanguíneos foram realizados. As lâminas foram fixadas e corados, sendo duas lâminas/indivíduo e 1.000 células/lâmina. Posteriormente, foram calculadas as médias e frequências de micronúcleos e anormalidades morfológicas nucleares. Os peixes foram anestesiados e eutanasiados, para a retirada dos tecidos para processamento histológico. Os parâmetros físico-químicos da água foram obtidos em todos os tratamentos. Para a realização do cálculo do Índice Hepatossomático- IHS e Fator de Condição- FC, foram aferidos o peso e comprimento dos peixes e peso do fígado. Após a leitura das lâminas obteve-se os valores de Valor Médio de Alterações- VMA e Índice de Alteração Histológica - IAH. As maiores alterações histopatológicas foram registrados no período chuvoso, destacando núcleo picnótico, congestão e núcleo periférico. Para as alterações histopatológicas e VMA houve diferença significativa no Tratamento II, período seco, com menores valores. Durante o período chuvoso o VMA apresentou aumento significativo para os três tratamentos. Todos os tratamentos apresentaram semelhança no IAH, com o controle negativo na estação seca, demonstrando menores valores de alteração nesse período. Na estação chuvosa os maiores valores de IAH foram registrados para o tratamento I e Tratamento III. As maiores FMN e AMN foram registradas durante o período de seca onde todos os tratamentos apresentaram médias com diferença significativa do Controle Negativo. No período chuvoso não houve diferença significativa entre os tratamentos. A Frequência de Alterações Morfológicas Nucleares apresentou baixo índice, eritrócitos contendo broto nuclear foram registrados com maior frequência no Tratamento I apresentando diferença significativa com o CN, durante a estação seca. A Análise de Correspondência Canônica resumiu as métricas dos biomarcadores e a sua relação com as variáveis ambientais, correlacionando positivamente os valores de pH, Oxigênio Dissolvido e Nitrato com os resultados VMA e correlação negativa entre os valores de Turbidez e Temperatura com a FMN. Dessa forma, os resultados obtidos ressaltam a ação e/ou o potencial tóxico tanto a nível histopatológico quanto citogenéticas, dos três efluentes analisados.