Dois grandes problemas apicultura atual são a morte massiva e o desaparecimento ou CCD (Colony Collapse Disorder) das abelhas, que estão causando o declínio populacional mundial dessas espécies. Em março de 2014, uma pesquisa online foi lançada na internet com o objetivo de avaliar a evolução dessas ocorrências no Brasil. Os casos ocorridos entre 1º de janeiro de 2013 até 31 de dezembro de 2016 puderam ser armazenados em um banco de dados
eletrônico hospedado no website <http://www.semabelha semalimento.com.br/beealert>, bem como em aplicativos para smartphones e tablets, para que os colaboradores interessados fizessem seus registros. Um total de 247 participantes qualificados, confirmados e validados concluíram os questionários e foram aceitos para compor o banco de dados do aplicativo BEE ALERT nesse período. Em visitas a esses apiários, 38 amostras de abelhas mortas puderam ser coletadas para análises de resíduos de agrotóxicos por espectrometria de massas (UHPLCMS/MS). As análises estatísticas mostraram que os agrotóxicos são reportados como os principais responsáveis pelas mortes em massa e CCD no país. A perda total de colônias calculada para o período (2013–2016) foi de 52,2% com (95% IC 48,3–56,0%) e perda média de 62,0% com (95% IC 57,9–66,1%). Os neonicotinóides e o fipronil lideram a lista dos
agrotóxicos com 37,7% dos casos e o estado de São Paulo detém 47% dos registros de mortes e desaparecimento de colônias de abelhas no Brasil. As análises químicas mostraram maiores contaminações múltiplas para o fipronil com frequência de 68,4% e amplitude de (0,5– 23.539,7 ng/g), tiametoxam 42,1% e (0,6–13,6 ng/g), dinotefuran 42,1% e (0,6–205,0 ng/g), imidaclopride 28,9% e (2,4–16,2 ng/g), nitenpiram 5,3% e (3,8–7,4 ng/g), acetamipride 5,3%
e (1,3–2,1 ng/g) e tiaclopride 2,6% (1,6 ng/g). Os resíduos de neonicotinóides e o fipronil tiveram maior frequência e amplitude em abelhas coletadas próximas a plantações de cana-deaçúcar e pomares de laranja no noroeste de São Paulo e outras regiões agroindustriais do país. A abelha africanizada (Apis mellifera) e a abelha nativa jataí (Tetragonisca angustula) são as espécies mais prejudicadas. Esses agrotóxicos sistêmicos são os principais mecanismos de morte em massa e desaparecimento das abelhas no Brasil, segundo esta pesquisa.