Este estudo foi elaborado com o objetivo de investigar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em quirópteros da região sul do Brasil. Cento e quarenta e sete amostras fecais de morcegos foram colhidas na cidade de Maringá (PR) e submetidas aos processos de purificação para a microscopia e extração de DNA genômico. A microscopia óptica de luz convencional foi utilizada com o uso da coloração negativa de verde malaquita para pesquisa de oocistos de Cryptosporidium spp. e a PCR foi utilizada para a amplificação de fragmentos do gene da subunidade 18S do rRNA na detecção de Cryptosporidium spp. A presença de Cryptosporidium spp. não foi constatada nas amostras fecais dos morcegos. Esse resultado pode ser considerado bom no aspecto que os morcegos são possíveis reservatórios e consequentemente, dispersores deste patógeno, sendo estes parques visitados diariamente por um grande número de pessoas. Esta é a primeira investigação do referido protozoário em morcegos nesta região.