A expansão de Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCHs) pelo mundo, fundamentada na geração de energia de fonte renovável, de baixo carbono e de reduzidos impactos ambientais, faz parte do cenário mundial, considerando que grande parte dos novos projetos hidrelétricos existentes e futuros, inclusive financiados por fundos mundiais, se enquadram nessa categoria. No entanto, seus impactos ambientais sinérgicos e cumulativos ainda são pouco conhecidos e muito questionados, principalmente se seus efeitos podem se estender a áreas alagáveis de elevada biodiversidade, como o Pantanal. Neste contexto, foram realizadas medições de vazão e coletas de água a montante e a jusante de rios barrados por PCHs no planalto da Bacia do Alto Paraguai, cabeceiras do Pantanal, na bacia do rio São Lourenço, bem como pesquisas em documentos disponíveis para consulta pública no órgão ambiental. Na bacia do Alto São Lourenço, foi selecionado um conjunto de PCHs de Média Queda de Projeto na sub-bacia do rio Tenente Amaral, que foram agrupadas como um complexo, e a PCH São Lourenço, de Baixa Queda de Projeto, no canal do rio de mesmo nome, objetivando comparar os efeitos desses diferentes arranjos, dentro da categoria de PCH, sobre a qualidade da água. Entende-se como Queda do Projeto a distância vertical entre a parte superior da lâmina d’água do reservatório e a do canal de restituição a jusante. Para medição vazão utilizou-se o método do molinete e para as coletas e análises das variáveis da qualidade da água foram adotadas as normas consagradas. A comparação entre montante e jusante das hidrelétricas foi feita utilizando o método da média ponderada pela vazão, devido a existência de vários rios formadores do reservatório, ou reservatórios em rios diferentes, como no caso das PCHs de Queda Média existentes na sub-bacia do rio Tenente Amaral, seguido pelo teste não paramétrico de Kruskall-Wallis. Os resultados indicaram que a PCH São Lourenço, de Baixa Queda, alterou a dinâmicas das variáveis DQO, ferro total, sólidos suspensos e turbidez, pH e oxigênio dissolvido e que as PCHs de Média Queda não influenciaram de forma detectável a qualidade da água. Os resultados também indicaram melhor razão do custo-benefício das PCHs com canal de desvio em pequenos tributários em relação a PCH com reservatório típico no canal principal na bacia do Alto São Lourenço. E que se todos os estudos ambientais para instalação de novas PCHs fossem efetivados, as sub-bacias dos córregos Ibó, Prata e Beleza serão as mais afetadas, com ocupação de 15 a 20% do curso dos canais principais por reservatórios e desviados por canais de derivação. As sub-bacias do Tenente Amaral, Saia Branca e São Lourenço apresentaram pequeno incremento, com porcentagens semelhantes às atuais (10,1%, 20,6%, 3,9%, respectivamente).