A produção de alimentos inócuos, aptos ao consumo humano, é de extrema importância tanto à saúde pública quanto para atividade econômica. O queijo colonial é tipicamente consumido pela população do Rio Grande do Sul, porém ainda há poucos dados sobre a qualidade microbiológica desse produto. Sendo assim, os objetivos do presente estudo foram: (i) avaliar a qualidade microbiológica de queijos coloniais comercializados em feiras modelo e mercado público de Porto Alegre; (ii) caracterizar as cepas de Staphylococcus aureus e Listeria monocytogenes presentes neste produto quanto a alguns fatores de patogenicidade, resistência e tipificação genotípica. Para tanto, no período de novembro de 2014 a maio de 2015, foram analisadas 205 amostras de queijo colonial inspecionado, compreendendo 17 marcas distintas comercializadas em feiras modelos e no Mercado Público de Porto Alegre. As análises microbiológicas evidenciaram que 47,31% dos queijos estavam não conformes com pelo menos um dos parâmetros microbiológicos estabelecidos na RDC nº12, portanto impróprios ao consumo humano. Com relação à quantificação de coliformes termotolerantes e Staphylococcus coagulase positiva, 10,73% e 40,48% das amostras apresentaram contagens superiores ao limite máximo estabelecido na legislação, respectivamente. Valores acima do padrão aceitável foram observados em 5,85% dos queijos amostrados para ambos os parâmetros. No que diz respeito à pesquisa de Salmonella sp., todas as amostras apresentaram-se em conformidade. Listeria sp. foi detectado em 12,19% dos queijos, dos quais 24% foram classificados como L. monocytogenes, 52% L. inoccua, 16% L. welshimeri/L. seeligeri e 8% L. grayi. Em um dos queijos foi observado isolamento concomitante de L. monocytogenes e L. inoccua. Duas amostras apresentaram contagem de 3,6 NMP.g -1e 11 NMP.g-1 de Listeria sp.; nos demais, a população encontrada foi < 3,0 NMP.g-1. A sorotipificação de L. monocytogenes indicou a presença dos sorovares 1/2a, 1/2b e 1/2c e o perfil de PFGE demonstrou cinco pulsotipos. A partir da amplificação do gene nuc, 83 isolados de Staphylococcus coagulase positiva foram confirmados como S. aureus. Quanto ao perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos todas as cepas foram suscetíveis a cefoxetina, oxacilina e vancomicina. Foram detectadas cepas resistentes a: penicilina (26,5%), todas confirmadas como produtoras de beta-lactamases; ciprofloxacina e eritromicina (9,63%); tetraciclina (7,22%) e gentamicina (4,81%). Do total de cepas, 66,26% foram suscetíveis a todos os antimicrobianos analisados enquanto 6,02% foram consideradas multi-resistentes. O gene blaZ esteve presente em 31,32% das cepas. Todas as cepas foram negativas para os genes mecA e lukS-F. Quanto à presença dos genes codificadores para SEs clássicas, 16,86% amplificaram algum gene sendo sea e sec os mais frequentes. A partir da tipificação molecular das 83 cepas de S. aureus foi possível detectar 19 spa typing diferentes entre as 11 marcas de queijos comercializados; os genotipos t127 e t002 foram predominantes. Foram detectados três diferentes tipos de sequencias nas quatro cepas de S. aureus selecionadas para tipificação pela técnica de MLST realizada in silico: ST-133, ST-5 e ST-1. O queijo colonial comercializado em feiras modelo e no mercado público de Porto Alegre, foi confirmado como possível veiculador de microrganismos causadores de DTA. Entre esses patógenos, chama atenção a frequência de isolamento de L. monocytogenes e, principalmente, de S.aureus.