Os papilomavírus bovino (BPV) tipos 2 e 13 estão envolvidos na etiologia do sarcoide equinos e também da hematúria enzoótica bovina. O objetivo do presente estudo foi desenvolver a técnica PCR em tempo real (qPCR), utilizando SYBR Green, para quantificar o oncogene E6 do BPV2 e 13 em quatro amostras de sarcoides de um equino e 12 amostras de lesões proliferativas de bexiga de bovinos. Avaliações histopatológicas das amostras confirmaram a presença de tumores fibroblásticos tipo sarcoide e dos carcinomas de bexiga. Com o objetivo de otimizar a qPCR, dois pares de primers foram desenvolvidos para amplificar um fragmento de 120 pb do oncogene E6, sendo um par específico para o BVP2 e outro para o BPV13, os controles positivos foram obtidos do acervo de papilomas do laboratório de virologia animal da Universidade Estadual de Londrina. O produto da amplificação deste fragmento foi clonado utilizando kit comercial e quantificado para o desenvolvimento da curva padrão. A reprodutibilidade foi analisada por meio de diluições seriadas (6x) dos produtos da clonagem do BPV2 e do BPV13. O sequenciamento dos amplicons foi realizado para confirmar a especificidade das reações. Nenhuma reação inespecífica com relação a outros tipos de BPVs foi identificada. O limite de detecção (LOD) da PCR convencional e qPCR foi avaliado testando o produto da amplificação de seis diluições seriadas dos controles positivos padrões. Os LOD para a PCR convencional para o BPV2 e 13 foram de aproximadamente 114 e 154 cópias de DNA, respectivamente, enquanto para qPCR, foram de 11,4 e 15,4 cópias de DNA viral de BPV2 e 13, respectivamente. Quatro amostras de sarcoide de um equino macho e doze fragmentos de carcinoma de bexigas bovinas foram coletadas e testadas pela nova qPCR. Amostras de swab de pele equina e mucosa de bexiga bovina sem lesão também foram testadas. O fragmento do oncogene E6 foi amplificado em 8/12 amostras de tumores de bexiga, sendo seis positivas para o BPV2, duas para o BPV13 e uma para ambos os tipos. O valor de Cq variou de 23,84 a 26,32 (1,05 x 104 até 9,53 x 103 cópias/µL) para o BPV2, e 23,41 e 24,96 (1,30 x 104 e 1,23 x 104 cópias/µL) para o BPV13. Nas amostras de sarcoide, em duas foi amplificado o oncogene E6 do BPV2, com Cq 21,16 e 21,43 (1.18 x 104 e 1.17 x 104 cópias/µL), e nas outras duas o E6 de BPV13 com Cq 18,9 e 19,1 (1.62 x 104 e 1.60 x 104 cópias/µL). O presente estudo confirmou o envolvimento do BPV2 e 13 na etiologia do sarcoide equino e na formação de lesões proliferativas em bexiga de bovinos e reforça a importância da participação do oncogene E6 de BPV2 e 13 na etiopatogenia destes tipos tumores podendo abrir novas perspectivas para o tratamento e profilaxia dessas importantes neoplasias em saúde animal.