Os estudos envolvendo comunidades zooplanctônicas e sua relação com os ecossistemas tropicais é uma difícil tarefa, devido a grande diversidade de fatores naturais ou antrópicas que influenciam nos processos ambientais. Contudo, o presente trabalho visa realizar a caracterização ambiental do estuário estudado, através da análise das variáveis físico-químicas da água, bem como caracterizar a distribuição dos organismos zooplanctônicos nesse ambiente, a partir de sua identificação e quantificação. Foram realizadas coletas bimestrais durante um ciclo hidrológico, nas quatro estações de amostragem, em suas variações de maré (enchente e vazante) e também coletas nictemerais em dois períodos sazonais, para a qual utilizou-se apenas um ponto fixo. As coletas foram realizadas através de arrastos horizontais na superfície da coluna d’água, utilizando-se rede de plâncton (abertura de malha de 200μm) e em seguida conservadas em formol a 4%, neutralizada com tetraborato de sódio. Parâmetros físico-químicos (temperatura, pH, salinidade, oxigênio dissolvido e condutividade elétrica) foram aferidos in situ, com sonda multiparamétrica simultaneamente às coletas biológicas. Em laboratório, a identificação das amostras qualitativas foi realizada a menor nível taxonômico possível. A partir das análises quantitativas, determinou-se a densidade (org.m3) dos diferentes grupos identificados e calculou-se a abundância relativa e a freqüência de ocorrência dos mesmos. A diversidade, equitabilidade e dominância na distribuição dos organismos foram estimadas pelos índices de Shannon-Wiener (H’), Pielou (J’), Berger-Parker respectivamente. Foram realizados testes de normalidade e significância entre os dados disponíveis nas duas campanhas. A Análise de Componentes Principais (PCA) e Análise de Agrupamento Hierárquico (HCA) foram feitas visando avaliar a relação existente entre os dados disponíveis. As variáveis ambientais não apresentaram grandes variações no período de estudo. As espécies consideradas muito frequentes durante todo o estudo foram as larvas de Polychaeta, Gastropoda, Bivalve e de Cirripedia, os náuplios de Copepodas, Arcatia tonsa, Parvocalanus crassirostris, Paracalanus nanus, Paracalanus sp, Pseudodiaptomus sp1, Oithona nana, Cyclops sp, Cyclopoida, Calanoida, Harparcticoida, Poecilostomatoida. Os Copepodas foram os mais abundantes no estudo espaço-temporal, apresentando tendência de domínio, enquanto que no estudo nictemeral houve destaque para o grupo dos Cirripédia no período seco. As densidades mais elevadas do estudo bimestral foram no mês Julho/12, cuja riqueza foi a menor registrada e no caso do estudo de variação circadiana, a maior densidade zooplanctônica foi verificada no período seco e dos Calanoida no período chuvoso. Nos estudos bimestrais e nictemerais a diversidade específica apresentou padrão semelhante. Não houve diferença estatisticamente significativa no que diz respeito à comparação entre as densidades do período seco e do período chuvoso, bem como não houve entre os dados de temporalidade, espacialidade e regime de maré. A Análise de Cluster aplicada aos grupos zooplanctônicos do estudo bimestral permitiu identificar três agrupamentos formados de acordo com a similaridade entre suas distribuições. Já na análise do estudo nictemeral, aplicada aos horários de coleta, foi observada a separação das amostras por períodos sazonais (seco e chuvoso). Nas análises de PCA foi possível observar influência das variáveis ambientais nas campanhas bimestrais e da sazonalidade nas campanhas nictemerais.