Objetivou-se avaliar a resistência de um probiótico comercial composto por Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei, Lactobacillus lactis, Bifidobacterium bifidum, Enterococcus faecium e Sacharomyces cerevisiae, ao processo de microencapsulação pela técnica de liofilização e spray dryer, modulação da microbiota fecal de gatos, assim como a manutenção da viabilidade dos micro-organismos ao serem adicionados em ração comercial, pelo período de 120 dias. Para o processo de liofilização, goma acácia, frutooligossacarídeo e a associação dos dois, foram utilizados como agentes encapsulantes, para a secagem por Spray dryer utilizou-se frutooligossacarídeo. As microcápsulas e o produto comercial foram testados também quanto à passagem in vitro pelo trato gastrointestinal, sendo submetidos a condições ácidas seguido de condições alcalinas. Análises microbiológicas em ágar MRS para bactérias ácido láticas, ágar M17 para Enterococcus faecium e ágar YEPD para Sacharomyces cerevisiae, foram realizadas para determinação da viabilidade dos mesmos após processamento. Para determinação da modulação da microbiota fecal de felinos, três tratamentos experimentais, sendo estes: T1 (controle) ração comercial, T2 ração comercial com adição de probiótico e T3 ração comercial com adição de probiótico + frutooligossacarídeo, foram fornecidos a 18 animais, sendo seis unidades experimentais por tratamento, pelo período de 21 dias. Os felinos foram alojados em gaiolas de digestibilidade para coleta de fezes e receberam durante o período experimental alimentação duas vezes ao dia. As fezes coletadas foram analisadas quanto a escore fecal, pH, bactérias ácido láticas (em ágar MRS) e enterobactérias (em ágar McConkey). Para viabilidade dos micro-organismos e vida de prateleira da ração, amostras foram armazenadas à temperatura ambiente para análises microbiológicas. Observou-se diferença significativa (P<0,05) entre a viabilidade do produto comercial antes e após simulação a passagem pelo TGI, com contagens de bactérias ácido láticas, enterococos e leveduras, em log10/g, de 8,25; 8,27; 8,25 e 7,28; 7,22; 7,18 respectivamente. Quando comparados os processos de microencapsulação, a liofilização se mostrou mais eficiente, com a maior viabilidade observada nas microcápsulas revestidas por frutooligossacarídeo, 8,74 log10/g para bactérias ácido láticas e 8,75 log10/g para enterococos, porém após digestibilidade in vitro houve redução acentuada na contagem de micro-organismos liofilizados para 3,67 e 4,65 log10/g. Para a técnica de Spray dryer não foi observada presença de micro-organismos por causa das injurias causadas pela temperatura de secagem. Quando adicionados à ração, foi possível observar redução significativa (P<0,05) na viabilidade dos micro-organismos ao longo da vida de prateleira do alimento, porém mesmo com esta redução, verificou-se diferença significativa (P<0,05) na modulação da microbiota fecal dos gatos, visto que houve aumento na contagem de Lactobacillus em log10/g de fezes nos tratamentos com adição de probiótico e probiótico associado à frutooligossacarídeo (5,07; 4,87, respectivamente) quando comparados ao tratamento controle (3,65 log10/g). Verificou-se que a inclusão de aditivo probiótico na dieta de felinos foi capaz de modular a microbiota intestinal de forma positiva, porém em virtude da redução na viabilidade dos micro-organsimos ao longo da shelf life, é necessário emprego de técnicas como a microencapsulação, que visam proteger os micro-organismos, devendo-se observar a resistência microbiana ao processamento.