Dados do Trabalhos de Conclusão

UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO PAULO
BIOLOGIA ESTRUTURAL E FUNCIONAL (33009015034P6)
Estudo de Alterações no Número de Cópias (Cna) Associadas à Gênese do Carcinoma Medular da Tiroide
ALINE NEVES ARAUJO
TESE
14/11/2017

O carcinoma medular da tiroide (CMT) é um tumor maligno originado das células C da tiroide, que pode ocorrer na forma hereditária (20-25%) como parte da síndrome de neoplasia endócrina múltipla do tipo 2 (NEM 2), ou na forma esporádica (75-80%). Embora o desenvolvimento do CMT hereditário esteja associado a mutações no gene RET nas células da linhagem germinativa, e em 50% dos CMT esporádico são identificadas mutações somáticas no gene RET; é sugerido que outras alterações ou mecanismos genéticos possam estar envolvidas na tumorigênese e progressão do CMT. Objetivo: Investigar a existência de alterações no número de cópias (CNAs) de DNA, relacionadas à gênese do CMT. Métodos: DNA de amostras de CMT (n=3) foram comparados aos seus respectivos sangues pareado (DNA constitutivo) por meio da plataforma Genome-Wide Human SNP Array 6.0. Os dados foram analisados através dos softwares PennCNV e Genotyping Console. As CNAs candidatas relacionadas à gênese do CMT foram validadas pela reação em cadeia da polimerase quantitativa (qPCR) nas amostras iniciais, além de terem sido testadas em um grupo expandido CMT (n=51). Os genes presentes nas CNAs validadas tiveram suas expressões avaliadas a nível de RNA mensageiro e proteína, para, possivelmente, identificar genes diferentemente expressos entre tumor e tecido normal. Resultados: A análise do genoma completo permitiu identificar sete alterações presentes em, pelo menos, 2 CMT (de 3). A validação das regiões permitiu confirmar o ganho de duas delas através da análise dos genes DLK1 (14q32.2) e AIFM3 (22q11.21) contidos nas mesmas, que apresentaram ganho no tumor em comparação ao DNA constitutivo (p<0,0001; ambos genes). A análise de expressão sugere que as CNAs sejam funcionais, uma vez que foi observada a superexpressão dos dois genes no tumor em relação ao DNA constitutivo (p<0,0001; ambos), além de ter sido observada expressão proteica de AIFM3 e DLK1 em 89% e 93% dos casos de CMT, respectivamente. Outra detecção do array foi a deleção de regiões sequenciais nos cromossomos 1p e 4q de um dos CMT, em comparação com o DNA constitutivo. A validação de uma dessas regiões por hibridização in situ fluorescente (FISH) confirmou a deleção. Conclusões: Esse estudo identificou duas CNAs de ganho envolvendo os genes AIFM3 e DLK1 como possivelmente envolvidos na tumorigênese do CMT. Além de detectar deleções em 1p e 4q, já descritas, em um dos CMT, reforçando a ideia dessas regiões abrigarem supressores tumorais.

1. Carcinoma medular de tiroide. 2. RET. 3. CNA. 4. AIFM3. 5. DLK1.
Medullary thyroid carcinoma (MTC) is a malignant tumor originating from thyroid C cells, which can occur in hereditary form (20-25%) as part of multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN 2) syndrome, or in sporadic form (75-80%). Although the development of MTC is associated with RET gene mutations, present in almost all hereditary cases, and observed in approximately 50% of sporadic cases; it is suggested that other genetic alterations or mechanisms may be involved in tumorigenesis and progression of MTC. Objective: To investigate the existence of copy number alterations (CNAs) of DNA, related to MTC genesis. Methods: DNA from MTC samples (n=3) were compared to their respective paired blood (constitutive DNA) through the Genome-Wide Human SNP Array 6.0 platform. The data were analyzed through PennCNV and Genotyping Console softwares. The candidate CNAs related to the genesis of MTC were validated by the quantitative polymerase chain reaction (qPCR) in the initial samples, in addition to being tested in an expanded MTC group (n=51). The genes present in the validated CNAs had their expressions evaluated at messenger RNA and protein level, to possibly identify genes differently expressed between tumor and normal tissue. Results: The genome wide analysis allowed us to identify seven alterations present in at least 2 MTC (of 3). The validation confirmed the gain of two regions by analyzing the DLK1 (14q32.2) and AIFM3 (22q11.21) genes contained within them, which had gain in tumor comparing to the constitutive DNA (p<0.0001; both genes). Expression analysis suggests that these CNAs are functional, since we observed overexpression of both genes (mRNA) on tumor in relation to the constitutive DNA (p<0.0001, both), in addition to had detected AIFM3 and DLK1 protein expression in 89% and 93% of MTC cases, respectively. Another array finding was the loss of sequential regions on chromosomes 1p and 4q observed in one MTC case, compared to the paired constitutive DNA. Validation of one region of each chromosome by fluorescence in situ hybridization (FISH) confirmed the loss. Conclusions: This study identified two CNA gains involving AIFM3 and DLK1 genes as possibly involved in MTC tumorigenesis. In addition to detecting losses in 1p and 4q, already described, in one MTC, emphasizing the idea of these regions to harbor tumor suppressors.
1. Medullary thyroid carcinoma. 2. RET. 3. CNA. 4. AIFM3. 5. DLK1.
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PORTUGUES
UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO PAULO
O trabalho não possui divulgação autorizada

Contexto

GENÉTICA
GENÉTICA E EPIGENÉTICA DO CÂNCER
Sequenciamento Completo do Exoma, paired-end RNA e genoma: novos insights sobre a natureza genética do câncer da tiróide na idade adular e na faixa etária pediátrica e aplicações na prática clínica

Banca Examinadora

JANETE MARIA CERUTTI
Sim
Nome Categoria
DELMAR MUNIZ LOURENCO JUNIOR Participante Externo
LESLIE DOMENICI KULIKOWSKI Participante Externo
SILVIA REGINA CAMINADA DE TOLEDO Docente
CLEBER PINTO CAMACHO Participante Externo
MARIA ISABEL DE SOUZA ARANHA MELARAGNO Docente
SERGIO PEREIRA DE ALMEIDA TOLEDO Participante Externo

Financiadores

Financiador - Programa Fomento Número de Meses
FUND COORD DE APERFEICOAMENTO DE PESSOAL DE NIVEL SUP - Programa de Demanda Social 48

Vínculo

Colaborador
Instituição de Ensino e Pesquisa
Ensino e Pesquisa
Sim