As babesioses e erliquioses caninas são transmitidas pelo carrapato Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Estes hemoparasitos são bem distribuídos no país, sendo a erliquiose mais frequente que babesiose. O objetivo deste trabalho foi avaliar a frequência de Ehrlichia canis e Babesia vogeli em carrapatos não alimentados coletados em dois municípios da microrregião de Itaguaí, Rio de Janeiro. Foram analisados 369 carrapatos R. sanguineus s.l., incluindo adultos (194), ninfas (92) e larvas (83). As amostras foram submetidos à extração de DNA pelo método de HotSHOT modificado. A detecção molecular de E. canis foi realizada através da reação em cadeia da polimerase (PCR) com alvo no gene “Disulfide oxidoreductase” (dsb) de Ehrlichia spp., amplificando um fragmento de 409 pares de bases (pb). Para detecção de Babesia vogeli, as amostras foram testadas em uma PCR que amplifica um fragmento de 523pb do gene “heat shock protein 70kDa” (hsp70) de B. vogeli. Foi obtido um total de 41 (11,11%) amostras positivas para E. canis, sendo 11 (5,67%) adultos, 8 (8,69%) ninfas e 22 (26,5%) larvas (p<0,05). Em relação a B. vogeli foram observadas 24 (6,5%) de amostras positivas, sendo 9 (4,63%) adultos, 7 (7,6%) ninfas e 8 (9,63%) larvas. As análises epidemiológicas demonstraram que a frequência de B. vogeli foi maior na zona rural do que urbana (p<0,05), e também em locais onde os cães possuíam abrigos (P<0,05). Concluiu-se que os locais de maior prevalência de B. vogeli na região estão contidos mais na zona rural do que urbana e também onde há presença de abrigo para os cães. Na detecção de E. canis foi observada maior frequência do hemoparasito em Itaguaí do que Seropédica (p=0,01). O presente estudo demonstrou E. canis em larvas de R. sanguineus s.l. não alimentadas, reforçando a possibilidade de transmissão transovariana da bactéria, porém, são necessários mais estudos para demonstrar essa forma de transmissão no vetor.