As raças caprinas do Brasil originaram-se de raças trazidas pelos colonizadores portugueses e espanhóis logo após o descobrimento. Esses animais sofreram processo de seleção natural ao longo dos anos, desenvolvendo resistência a doenças e adaptação às condições adversas do Nordeste Brasileiro. Entretanto, o cruzamento desordenado com raças exóticas, levou a uma drástica substituição das raças localmente adaptadas, acarretando em risco de extinção de alguns exemplares. Fazendo-se necessário, desta forma, a conservação desses recursos genéticos in situ e/ou ex situ. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética e a congelabilidade do sêmen de caprinos das raças Canindé e Alpina Britânica dos estados do Piauí e Ceará. Para tanto, foram realizados dois experimentos. No primeiro, 100 animais (50 Canindé, 50 Alpina Britânica) foram genotipados utilizando 20 marcadores moleculares de microssatélites, em um sistema semiautomático ABI 310. No segundo, foram realizadas colheitas de sêmen duas vezes por semana, com auxílio de vagina artificial, de machos das raças Canindé (4) e Alpina Britânica (7). Em seguida, o sêmen foi avaliado, diluído em ACP-101, criopreservado utilizando máquina TK3000 e analisado pelo Sistema de Análise Computadorizada (CASA). Os resultados do primeiro experimento revelaram que as heterozigosidades observadas (HO) e esperadas (HE) foram > 0,687 e > 0,627, respectivamente, para todos os loci. O conteúdo de informação polimórfica (PIC) mostrou que todos os loci eram altamente informativos com uma média global de 0,757. O agrupamento Bayesian STRUCTURE detectou a máxima probabilidade de um modelo de dois grupos geneticamente distintos, de acordo com o número de raças estudadas. No segundo experimento, quanto ao sêmen fresco, as duas raças obtiveram valores de motilidade e concentração de acordo com a espécie caprina, já para o sêmen descongelado os parâmetros MT, MP, vigor, VCL, VAP, VSL, LIN, STR, WOB foram significativamente superiores para a raça Canindé. Concluindo-se que apesar da semelhança fenotípica, as raças em estudos são distintas geneticamente. O sêmen da raça Canindé encontra-se dentro da normalidade, podendo ser utilizado em biotécnicas da reprodução. Além disso, a genotipagem dessas raças é importante para preservação dos recursos genéticos, sendo essencial que esteja associada ao uso de biotécnicas reprodutivas utilizando o sêmen fresco e/ou congelado, contribuindo assim para formação de banco de germoplasma da raça autóctone.