O milho roxo é uma variedade de milho que é produzido nos Andes peruanos. Sua cor característica é pela presença do pigmento antiocianina que apresenta propriedades antioxidantes, antimutagênicas, anticancerígenas e antidiabéticas. Estas características fizeram com que além de ser usado como corante, seja utilizado como matéria prima na elaboração de vários subprodutos. Atualmente o Peru exporta este insumo, porém, pela falta de regulamentação e por ser considerado um produto orgânico, não são exigidas análises de micotoxinas. Estas toxinas, podem ser produzidas por fungos filamentosos em qualquer etapa da cadeia alimentícia do milho. O seu consumo por humanos ou animais pode provocar efeitos carcinogênicos, mutagênicos, hepatotóxicos, estrogênicos, imunotóxicos e nefrotóxicos, motivo pelo qual órgãos internacionais determinaram limites máximos toleráveis (LMT) de micotoxinas em alimentos para tentar controlar a exposição. Considerando os possíveis efeitos que as micotoxinas podem ocasionar nos consumidores de milho roxo peruano, objetivou-se determinar a presença de micotoxinas neste milho através da identificação e quantificação por LC-MS/MS. 82 amostras de milho roxo foram obtidas em diferentes mercados do Peru em dois períodos: dezembro de 2015 a março de 2016 e março a abril de 2017. As micotoxinas analisadas foram as aflatoxinas, fumonisinas, zearelenona, ocratoxina A e os seguintes tricotecenos: deoxinivalenol, nivalenol, fusarenona X, deacetoxiscirpenol, 3 acetil-DON, toxina HT-2 e toxina T-2. As micotoxinas com maior frequência foram aflatoxinas e fumonisinas, 64,6 e 63,4%, respectivamente, com co-ocorrência destas duas micotoxinas em 45,1% das amostras. Somente em uma amostra foi quantificado zearalenona (24,4 µg/kg), enquanto que a ausência de ocratoxina A e tricotecenos foi verificado. Considerando os LMT, implementados pela Comunidade Europeia (EC, 2006; 2007; 2013), 12% das amostras analisadas apresentaram concentrações superiores ao LMT de 1000 µg kg-1 para fumonisinas e uma amostra apresentou LMT de 10 µg kg-1 superior para aflatoxinas. No entanto, considerando a legislação brasileira, 9,8% das amostras apresentaram níveis superiores ao LMT de 5000 µg/kg de fumonisinas (BRASIL, 2011; 2013; 2017). Esta é a primeira pesquisa que avalia a ocorrência de micotoxinas no milho roxo peruano e identifica que esse milho pode constituir uma fonte de intoxicação, oferecendo risco à saúde pública. A cadeia produtiva deste grau precisa de controles para determinar os fatores que influenciam na apresentação de micotoxinas e implementar uma legislação com os LMT de micotoxinas neste produto.