As parasitoses, que acometem equídeos assumem importância na saúde animal por ocasionarem enfermidades distintas que podem limitar o desempenho do animal, inclusive, levando à morte, além de algumas apresentarem potencial zoonótico. A realização deste estudo teve como objetivos determinar a frequência e fatores associados à infecção por Babesia caballi, Theileria equi, Trypanosoma evansi, Borrelia spp, Leishmania spp, Anaplasma phagocytophilum, e Toxoplasma gondii em equídeos naturalmente infectados, da microrregião de Ilhéus-Itabuna, Bahia-Brasil. Foram colhidas amostras de sangue de 569 equídeos (528 equinos, 8 muares e 33 asininos), sendo 516 pertencentes a área rural de cinco municípios desta região (Ibicaraí, Floresta Azul, Itapé, Santa Cruz da Vitória, Itaju do Colônia) e 53 da área urbana de Itabuna. Foi utilizado PCR para o diagnóstico de Trypanosoma evansi, Anaplasma phagocytophilum, Theileria equi e Babesia caballi; sorologia (ELISA) e PCR para Leishmania spp., sorologia (ELISA) para Borrelia spp. e sorologia (RIFI) para Toxoplasma gondii. A determinação dos fatores associados foi realizada através de regressão logística não condicional. A frequência de infecção por T. equi foi de 83,5% (475/569), sendo que a regressão logística (RStudio) identificou a faixa etária sênior e as espécies muar e asinina como fatores de proteção. Para B. caballi a frequência de infecção foi de 24,3% (138/569) enquanto as faixas etárias adulto e sênior foram identificados como fatores de proteção, e as espécies asinina e muar foram identificadas como fator de risco. Não foi detectada a presença de A. phagocytophilum nem T. evansi na população amostrada. Ao passo que, para Borrelia spp., foi detectada a frequência de 13,8% (79/569) e o gênero masculino como fator de proteção. Frequência de infecção de 3,5% (20/569) para Leishmania spp. com a espécie asinina como fator de risco, tendo ocorrido positividade apenas em animais da zona rural para este parasito. A frequência de 26,4% (14/53) para Toxoplasma gondii nos equinos
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da zona urbana não determinou diferença significativa entre a população rural e urbana. Conclui-se que estão presentes parasitos na área prospectada podendo trazer prejuízo à performance e saúde dos animais e demonstrando que esta população pode ser considerada como sentinela e reservatório de patógenos com potencial zoonótico.