Morcegos são hospedeiros de um elevado número de endo e ectoparasitos, porém o parasitismo nesses animais ainda é um campo pouco estudado. O objetivo deste trabalho foi identificar morfologicamente as espécies de helmintos e ectoparasitos, avaliar a presença de DNA de hemoparasitos e identificar molecularmente algumas espécies de helmintos de morcegos do Estado de Minas Gerais. Foram necropsiados 319 morcegos de 33 espécies recebidos pelo Centro de Controle de Zoonoses do município de Belo Horizonte, no período de janeiro de 2013 a março de 2016, sendo: 208 Molossidae, 66 Phyllostomidae, 43 Vespertilionidae e 2 Emballonuridae. Do total de animais, 65 (20,3%) morcegos apresentaram helmintos. O hospedeiro mais frequentemente parasitado foi Eumops glaucinus. O parasitismo nas fêmeas (60%) foi maior do que nos machos (40%) e 100% dos hospedeiros parasitados eram adultos. Foram recuperados 341 espécimes de parasitos: 94 Rictulariidae, 4 Spiruridae, 41 Onchocercidae, 19 Molineidae, 55 Capillariidae (Nematoda), 20 Lecithodendriidae, 49 Anenterotrematidae, 50 Urotrematidae (Trematoda) e 17 Hymenolepididae (Cestoda), além de 4 larvas de nematódeos não identificados e 11 espécimes de trematódeos não identificados devido à baixa qualidade dos espécimes. O parasitismo por mais de uma espécie de helminto foi verificado em 21 hospedeiros. O helminto mais prevalente foi Pterygodermatites (Paucipectines) sp. Do total de 2093 espécimes de morcegos examinados para ectoparasitos, apenas 94 (4,5%) apresentaram parasitos, sendo recuperado um total de 260 espécimes: 28 Spinturnicidae, 122 Macronyssidae, 12 Trombiculidae (Acari, Mesostigmata), um Argasidae (Acari, Ixodida), quatro Polyctenidae (Insecta, Hemiptera), um Pulicidae (Insecta, Siphonaptera) e 91 Streblidae (Insecta, Diptera). O município que apresentou o maior número de hospedeiros parasitados foi Belo Horizonte. Os morcegos foram mais frequentemente parasitados por streblídeos e ácaros macronissídeos, com 51 e 25 hospedeiros infectados, respectivamente. Dentre as moscas, Paratrichobius longicrus foi a espécie mais prevalente, encontrada em 73,5% (37/51) dos hospedeiros parasitados por espécimes da família Streblidae. Dentre as famílias de ácaros e carrapatos, o macronissídeo Chiroptonyssus venezolanus foi a espécie mais prevalente, encontrada em 44% (11/25) dos hospedeiros parasitados pela subclasse Acari. As fêmeas de morcegos apresentaram mais ectoparasitos (68,6%) do que os machos (31,4%), assim como o parasitismo foi maior em adultos (87,2%) do que em relação aos filhotes (7,7%) e indivíduos jovens (5,1%). O parasitismo por mais de uma espécie de ectoparasito foi verificado em 10 hospedeiros. Com relação aos hemoparasitos, resultados preliminares mostraram 13 morcegos positivos para Trypanosomatidae e 47 para Piroplasmida, sendo duas amostras positivas para ambos. Dentre as amostras sequenciadas dos piroplasmídeos, 3 amostras foram identificadas com Babesia sp. e 15 como Theileria sp. O sequenciamento destas apresentou alta similaridade à Babesia bigemina e ao grupo Theileria orientalis/Theileria buffeli, respectivamente. Este trabalho contribui para um levantamento epidemiológico de espécies parasitas de morcegos com comportamento incomum no estado de Minas Gerais.