O presente trabalho teve como objetivo o estudo taxonômico e ecológico dos metazoários parasitas de peixes da Família Anostomidae pertencentes às Bacias Hidrográficas do Rio Grande e Rio São Francisco. No total foram coletados 411 exemplares de peixes, dos quais 360 pertenciam à bacia do Rio Grande e 51 da bacia do Rio São Francisco, sendo que 244 (94,16%) e 45 (88,23%), respectivamente, estavam parasitados por alguma espécie de metazoário. Foram identificados os seguintes parasitas: Rhinoxenus arietinus, Rhinoxenus nyttus, Protorhinoxenus prochilodi, Jainus leporini, Tereancistrumparvus, Urocleidodes paradoxus, Urocleidodes naris e Tereancistrumparanaensis; Clinostomum sp. 1 (metacercárias) e Clinostomum sp. 2 (adultos), Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Rhabdochona sp., Contracaecum sp. (juvenis), Gamispatulus schizodontis e uma espécie de Isopoda. Não houve correlação do sexo com a abundância parasitária. Algumas espécies de parasitas demonstraram correlação negativa com peso e comprimento padrão dos hospedeiros e abundância parasitária, com exceção de Leporinus macrocephalus (Rio Grande) que demonstrou correlação positiva entre peso,comprimento padrão e abundância parasitária de R. nyttus e P. prochilodi. Os mesmos hospedeiros apresentaram a maior diversidade de parasitas, enquanto a menor diversidade foi observada em Schizodon nasutus coletados no Rio Mogi Guaçu. As espécies de parasitas mais abundantes foram U. paradoxus e J. leporini, porém não foram dominantes. Dentro das localidades, os hospedeiros diferiram entre si quanto à abundância parasitária, com exceção do Rio Pardo onde não houve diferença significativa entres as espécies de peixes coletadas (p>0,05).Os resultados também mostraram diferença significativa (p<0,05) na abundância parasitaria dos hospedeiros analisados nas diferentes localidades. O PERMDISP mostrou diferença significativa (p<0,05) na dispersão parasitaria entre as localidades, exceto entre Rios Grande e Pardo. Leporinus obtusidens apresentou maior diversidade parasitária que L. friderici. Não foi observada declínio de similaridade com o aumento da distância geográfica, ao contrário, constatou-se que a similaridade aumentou com a distância.