O presente estudo teve como objetivo investigar o efeito do uso de redes de plâncton com diferentes aberturas de malha na determinação da composição e dinâmica populacional dos copépodos no estuário do Taperaçu, localizado na região costeira amazônica, norte do Brasil. As coletas foram realizadas com o auxílio de redes cônicas de plâncton de 120 e 300 µm (providas de fluxômetros), através de arrastos horizontais simultâneos na subsuperfície da coluna d’água nos meses de junho, setembro e novembro de 2013, e abril de 2014, em três estações fixas distribuídas ao longo do estuário (setor superior-S1, médio-S2 e inferior-S3), em intervalos regulares de 3 horas, por aproximadamente 25h, totalizando 216 amostras. As variáveis hidrológicas, temperatura, salinidade e turbidez da água foram obtidas in situ por intermédio de CTDO`s, com sensores de turbidez, enquanto que amostras adicionais foram coletadas para a determinação em laboratório do pH, e concentrações de clorofila-a e nutrientes dissolvidos. Um total de 21 espécies de copépodos foram identificadas, estando todas presentes nas amostras de 120 µm e apenas dezenove nas amostras de 300 µm. Dentre estas, Acartia tonsa (29,8%), Acartia lilljeborgi (38,4%) e Pseudodiaptomus marshi (6,1%) foram abundantes nas redes com malha de 300 µm, enquanto Paracalanus quasimodo (10,3%) e Oithona oswaldocruzi (6,9%) foram abundantes nas redes com malha de 120 µm. Observou-se também para esta malha o recrutamento de náuplios de Copepoda (24,7%) e copepoditos de A. tonsa (8,3%) e A. lilljeborgi (15,9%), os quais mostraram elevada contribuição relativa (AR%) no número total de copépodos. Quanto aos valores de densidade das espécies dominantes, apenas P. quasimodo (7,87±31,36 a 7426,55±58554,75 ind.m-3; U=958,50, p<0,001), O. oswaldocruzi (5,50±23,53 a 2193,42±5,50 ind.m-3; F=12,73, p<0,001), bem como os copepoditos de A. tonsa (19,95±85,02 a 384,74±3754,27 ind.m-3; F=96,50, p<0,001) e A. lilljeborgi (18,86±39,12 a 918,28±6269,97 ind.m-3; F=49,39, p<0,001) apresentaram diferenças significativas entre malhas utilizadas, com os menores valores registrados nas amostras coletadas com redes de 300 µm, reforçado pela subestimação superior a 95% comparadas as abundâncias relativa obtidas com a malha de 120 µm. Considerando as duas aberturas de malha utilizadas nas coletas do zooplâncton, os resultados obtidos para as estimativas de biomassa e taxas de produção da maioria das espécies dominantes de copépodos basearam-se nos dados obtidos para a densidade. Os índices ecológicos (diversidade, equitabilidade e riqueza de espécies) não diferiram significativamente entre as malhas utilizadas. A Análise de Correspondência Canônica (ACC), juntamente com as análises de Correlação de Spearman, sugerem que os picos de densidade de algumas espécies estiveram associados as maiores tolerâncias às variações de salinidade. Adicionalmente, os dados analisados sugerem que a qualidade e a quantidade de alimento disponível, bem como a hidrodinâmica do estuário, conduzidas pela sazonalidade das chuvas, influenciaram a variabilidade espaço-temporal dos organismos estudados. Os resultados obtidos demonstram que a utilização de métodos de coleta distintos, e em especial a utilização de redes de plâncton com diferentes aberturas de malha, resulta em diferentes estimativas de densidade, biomassa e produção do mesozooplâncton, constituindo, desta forma, uma potencial fonte de “erro” quando não se leva em consideração o grupo alvo a ser coletado e suas respectivas dimensões, ou mesmo os diferentes estágios ontogenéticos presentes na área de estudo.