A biodiversidade de cursos de água doce têm declinado devido à degradação do habitat e poluição orgânica, especialmente em áreas urbanas. O biomonitoramento com macroinvertebrados bentônicos complementa a avaliação da qualidade da água, especialmente quando a poluição é orgânica. A estrutura macrofaunal bentônica foi avaliada em riachos tropicais urbanos e rurais de planície utilizando substratos artificiais nos períodos chuvoso e seco de 2011, 2012 e 2015/2016 em São Miguel do Guamá, Pará, norte do Brasil. Entre 45 táxons, 81% da abundância foi representada por Naididae e Tubificidae, ambos indicadores de córregos urbanos, e Chironomidae, que dominaram toda a amostragem. A macrofauna é menos diversificada em riachos urbanos com baixo teor de oxigênio dissolvido, pH baixo e alta condutividade e zona riparia degradada. A diversidade é maior no período chuvoso, possivelmente associada a maior disponibilidade de hábitats e alimentos, e nos riachos rurais com menores níveis de degradação do habitat. Famílias com as maiores abundâncias na zona rural foram Ampullariidae, Hydrachinidae, Elmidae, Hydroptilidae, Polycentropodidae, Ephemerellidae, Leptophlebiidae, Metretopodidae e aquelas registradas apenas nessa zona foram Palaemonidae, Hydropsychidae, Limnephilidae e Ephemeridae. Os riachos rurais têm menor variação ambiental, maior qualidade biológica da água e curvas de abundância ranqueada que são mais equitativas do que em riachos urbanos. Não houve diferenças sazonais na estrutura macrofaunal, com as abundâncias dos três táxons dominantes sendo semelhantes nos dois períodos, no entanto, algumas famílias como Corduliidae (zona urbana), Brachycentridae, Leptoceridae, Mollanidae e Synlestidae (zona rural), foram exclusivas do período chuvoso e a família Calopterygidae que ocorreu somente no seco. Os substratos artificiais mostram uma macrofauna mais abundante e diversa do que a amostragem manual do sedimento e, portanto, são mais eficientes na biomonitorização da degradação do habitat e da poluição orgânica em riachos de planície tropical.