As doenças respiratórias acometem as aves em qualquer idade, independente do tipo de produção comercial, sendo o trato respiratório a porta de entrada de micro-organismos patogênicos. Devido ao uso excessivo de antimicrobianos na avicultura como promotores de crescimento, e a consequente ocorrência de multirresistência antimicrobiana frente a esses fármacos comumente utilizados, existe uma busca crescente por soluções alternativas livres de antibiótico, sendo necessário para isso, conhecimento básico sobre os micro-organismos comensais do trato respiratório. Este trabalho teve como objetivo avaliar a microbiota respiratória de frangos de corte clinicamente saudáveis, realizando contagem, isolamento e identificação bacteriana, detecção de produção de bacteriocinas e avaliação da sensibilidade antimicrobiana destes isolados, além de pesquisa de genes de virulência nas amostras de Escherichia coli e análise histopatológica dos órgãos estudados. Foram avaliados 60 órgãos do trato respiratório (traqueia, sacos aéreos e pulmão) de 20 frangos de corte clinicamente saudáveis, aos 21 dias de idade, criados em condições experimentais. As amostras foram analisadas através de contagem de bactérias totais em Plate Count Agar e isolamento bacteriano em Ágar Sangue e mais 5 ágares seletivos. A identificação das bactérias foi realizada através das características morfológicas das colônias, coloração de Gram, testes de catalase e oxidase, prova de temperatura de crescimento a 10 e 45oC, provas bioquímicas e utilização de kits comerciais de diagnóstico. A avaliação da produção de bacteriocinas foi realizada através do “método da dupla camada”. Uma amostragem dos isolados foi avaliada para a presença de genes de virulência de E. coli (genes iutA, hlyF, iss, iroN e ompT) pela técnica de PCR multiplex, e avaliação da sensibilidade a antimicrobianos frente a 18 princípios ativos através do método de disco-difusão. A contagem de bactérias totais apresentou médias de 5,1x104 UFC/g na traqueia, 1,1x104 UFC/g nos sacos aéreos e 2,3x103 UFC/g nos pulmões; foi observado significância estatística entre a quantidade de bactérias na traqueia, comparado com as outras partes anatômicas. Um total de 334 isolados bacterianos foram recuperados dos animais estudados, sendo 56,6% bactérias Gram positivas do filo Firmicutes e 43,4% bactérias Gram negativas do filo Proteobacteria, não apresentando diferença estatística entre esses grupos. As espécies bacterianas apresentaram pouca variação na distribuição entre as porções anatômicas, e os isolados mais frequentes foram Escherichia coli (32,6%), Staphyloccocus coagulase negativo (17,1%), Streptococcus sp. (15,9%), Lactobacillus sp. (12,9%) e Staphylococcus aureus (10,7%). Os gêneros Staphylococcus e Streptococcus foram encontrados em 19/20 (95%) das aves estudadas, Escherichia em 17/20 (85%), Lactobacillus em 16/20 (80%). Os isolados não apresentaram produção de bacteriocinas e também não apresentaram genes de virulência de APEC (Avian Pathogenic Escherichia coli), iutA, hlyF, iss, iroN e ompT; a análise histopatológica dos órgãos demonstrou a ausência de infiltrado inflamatório. Foi observado IRMA (Índice de Resistência Múltipla a Antimicrobianos) máximo de 0,44 e 0,66, e PMR (Perfil de Múltipla Resistência) em 8 (19,5%) e 29 (72,5%) isolados de E. coli e Staphylococcus spp., respectivamente, caracterizados por apresentarem resistência a 3 ou mais classes de antimicrobianos. A maioria dos isolados apresentou baixa resistência, com 80,5% e 57,5% destes micro-organismos sensíveis a 12 ou mais antimicrobianos. Estes resultados auxiliarão no desenvolvimento de alternativas, e melhoria na prevenção de doenças respiratórias na avicultura comercial.