O presente estudo objetivou estudar a composição e a distribuição da comunidade zooplanctônica no estuário do Taperaçu avaliando, em escala temporal e espacial, a contribuição das principais espécies de copépodos para a biomassa e produção em termos de carbono orgânico no ambiente em estudo. Para tanto, foram realizadas coletas bimestrais (zooplâncton e variáveis hidrológicas) de junho de 2012 a junho de 2013, em três estações fixas situadas ao longo do estuário, totalizando 117 amostras. A comunidade zooplanctônica do Taperaçu foi aparentemente homogênea, não sendo detectadas variações significativas relacionadas aos ciclos circadianos (dia/noite) e de maré (enchente/vazante), no que se refere aos atributos biológicos. Elevados valores de densidade de Paracalanus quasimodo, Labidocera fluviatilis, e Pseudodiaptomus marshi foram observados. A ausência de um padrão nictimeral e de maré, esteve possivelmente relacionada às características morfodinâmicas do estuário do Taperaçu, tais como a presença de bancos de areia em sua porção central, a ausência de uma descarga fluvial, a pequena área de captação, as baixas profundidades e as fortes correntes de maré, as quais facilitam os processos de mistura horizontal e vertical da coluna de água. Quando analisados em uma escala mensal e espacial, foi observada a influência dos períodos sazonais sobre a dinâmica desses organismos, estando estas diretamente relacionadas às variações da salinidade, turbidez e concentrações de clorofila-a. A comunidade zooplanctônica esteve dominada pelos copépodos, em especial Acartia tonsa (22.230,9±46.145,7 ind.m-3), Acartia lilljerborgi (4.011,6±10.326,5 ind.m-3), P. marshi (3.267,3±4.565,1 ind.m-3), P. quasimodo (9.270,7±17.593,3 ind.m-3) e Oithona oswaldocruzi (30.221,9±28.328,4 ind.m-3), juntamente com Oikopleura dioica (15.284,6±26.060,6 ind.m-3). A diversidade média das espécies variou de 2,0±0,6 bits.ind-1 a 3,8±0,4 bits.ind-1, enquanto que a equitabilidade variou de 0,5±0,1 a 0,7±0,03. De modo geral, a variabilidade temporal (mensal e sazonal) e espacial observada na estrutura e dinâmica populacional do zooplâncton esteve principalmente relacionada às flutuações nas taxas de precipitação, as quais afetaram diretamente a salinidade da água e, consequentemente, a densidade desses organismos. Adicionalmente, conclui-se que a presença de espécies tipicamente marinhas, tais como P. quasimodo e Oikopleura dioica pode estar relacionada ao aumento significativo da salinidade, resultado da redução das chuvas em 2012. A biomassa e produção de A. tonsa e A. lilljeborgi estiveram diretamente relacionadas à precipitação local, visto que A. tonsa apresentou elevados valores durante todo o período, e não apenas no período chuvoso, como anteriormente observado neste mesmo estuário. Os estágios imaturos (C1-C5) de A. tonsa foram as formas dominantes, com destaque para o estágio C4 (839,88±1.518,80 mgC.m-3), enquanto que para A. lilljeborgi os mais elevados valores foram obtidos para os adultos (499,95±1.347,84 mgC.m-3). As taxas de produção secundária obtidas foram mais elevadas do que àquelas descritas para outros estuários localizados ao redor do mundo, podendo estes resultados estarem associados as elevadas temperaturas registradas durante todo o ano, bem como a observação de águas ricas em nutrientes e matéria orgânica particulada derivados dos manguezais adjacentes ao Taperaçu. De forma geral os resultados obtidos indicam que a influência das variações climáticas sobre as variáveis hidrológicas, em especial a temperatura, salinidade, bem como sobre as concentrações de clorofila-a foram os principais responsáveis pela dinâmica das espécies mesozooplanctônicas identificadas no estuário do Taperaçu.