Os carrapatos, em sua maioria, são artrópodes ectoparasitas obrigatórios, sendo importantes veiculadores de agentes patogênicos, dentre estes, vírus, bactérias, protozoários e helmintos. O presente estudo teve como objetivo identificar a presença de bactérias dos gêneros Rickettsia, Ehrlichia e Anaplasma em carrapatos de vida livre coletados em cinco áreas, localizadas nas mesorregiões Sul Fluminense e Metropolitana do Rio de Janeiro. A pesquisa foi conduzida no campus Seropédica da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Floresta Nacional Mario Xavier, ambos no município de Seropédica; Parque Nacional do Itatiaia, em Itatiaia; Depósito Central de Munição em Paracambi; e Centro de Adestramento da Ilha da Marambaia, município de Mangaratiba. Nas coletas foram utilizadas arrasto de flanela, armadilha química de CO2 e catação manual sobre as vestes e corpo dos pesquisadores. Os carrapatos coletados foram identificados e submetidos a PCR para Rickettsia spp., Ehrlichia spp. e Anaplasma spp. Foram coletados 14.469 espécimes de carrapatos em todas as áreas pesquisadas. Foram selecionados 9.353 carrapatos para análise, sendo distribuídos em 372 pools, de acordo com a classificação taxonômica, estádio evolutivo, área e ano de coleta. Esse total é composto por 7.273 larvas de Amblyomma, 1 larva de R. (B.) microplus, 1.952 ninfas de Amblyomma, 120 adultos de A. sculptum, 4 adultos de A. brasiliense e 3 adultos de A. dubitatum. Destes pools, apenas 2 foram positivos na triagem, sendo um pool composto por 3 larvas de Amblyomma spp. coletados na Floresta Nacional Mario Xavier, e o outro pool de 20 ninfas de A. sculptum coletados no local denominado praia do Sino localizado na Ilha da Marambaia. A análise dos dados através do método PCR-RFLP indicou que as bandas verificadas na análise são de Rickettsia bellii. A positividade para R. bellii encontrada no presente estudo foi de 0,25%. Com esse resultado foi possível verificar que ocorre a circulação de Rickettsia em duas áreas de coleta. Em ambas as áreas em que se encontrou circulação de R. bellii, existia a presença de capivaras e equinos. A pesquisa molecular para os gêneros Ehrlichia e Anaplasma revelou resultados negativos para ambos os gêneros. A ocorrência e a distribuição de carrapatos observadas, neste estudo, podem ser atribuídas à composição da cobertura vegetal, às condições ambientais e à atividade dos hospedeiros, estão relacionadas às diferentes ações antrópicas exercidas em cada ponto de coleta, ao longo do estudo.