A aquicultura tem sido responsável pelo crescimento no fornecimento de pescado para consumo humano, e atualmente é uma atividade em ascensão. Entre as atividades de aquicultura, a carcinicultura de água doce ocupa lugar de destaque devido ao alto valor deste produto. O uso de espécies nativas na aquicultura vem sendo um requisito importante para a sustentabilidade e o desenvolvimento de sistemas de produção que causem menor impacto ao meio ambiente. No Brasil a espécie nativa de camarão de água doce com maior potencial para produção é o Macrobrachium amazonicum. Para que seja possível sua produção em cativeiro é necessário que as condições químicas e físicas da água estejam em equilíbrio, condições estas que podem ser rapidamente alteradas, em virtude da entrada exógena de nutrientes. A amônia é um composto nitrogenado comprovadamente tóxico, e que pode causar danos aos sistemas de produção. As brânquias são órgãos multifuncionais que estão em contato direto com o ambiente, constituindo o local de ligação e de depuração de contaminantes. As alterações causadas à estrutura branquial afetam diretamente os camarões. Portanto, o objetivo do trabalho foi verificar alterações nas brânquias de juvenis de M. amazonicum submetidos a diferentes concentrações de amônia total. Os camarões foram expostos a seis diferentes concentrações de amônia total (0, 5, 10, 20, 40 e 80 mg.L-1), com quatro repetições em um ensaio de curta duração (96 horas). Após a exposição às brânquias foram dissecadas, fixadas em uma solução de ALFAC, processadas rotineiramente pela técnica de Hematoxilina e Eosina (H.E), os cortes histológicos foram avaliados em microscópio óptico. As lesões observadas foram tumefação celular, infiltração de hemócitos, tumefação celular, espessamento e descamação da cutícula lamelar, necrose, fusão lamelar e hiperplasia e edema. Através dos índices de órgãos (Iorg) observou-se que quanto maior a concentração maior foi o dano causado a estrutura branquial, tendo os tratamentos de 0, 5, 10, 20, 40 e 80 mg.L-1 de amônia total, índices de órgão 3,7±1,9; 10,7±2,1; 17,3±2,9; 33,3±7,8; 34,0±6 e 50,5±6,1, respectivamente. Observou-se mortalidade de 100% dos animais no tratamento 80mg.L-1 de amônia total em 48 horas, para 40mg.L-1ocorreu também 100% de mortalidade em 72horas. Na concentração 20mg.L-1 os animais foram a óbito em 96 horas apresentando mortalidade média de 48%. As concentrações de 10 e 5 mg.L-1 apresentaram para 96 horas 10% de mortalidade. No grupo controle ocorreram 6% de mortalidade em 96 horas. Os resultados demonstraram que as brânquias de M. amazonicum sofreram alterações devido à exposição a níveis crescentes de amônia e que estas alterações foram agravadas pelo aumento da concentração e do tempo de exposição ao composto tóxico.