Trypanosoma cruzi é o agente etiológico da Doença de Chagas, que afeta milhões de pessoas no mundo. Diferentes isolados de T. cruzi apresentam características genotípicas e fenotípicas variadas, o que interfere na interação patógeno-hospedeiro; assim, o parasita é classificado em seis grupos (TcI a TcVI). A infecção por T. cruzi se desenvolve em duas fases, aguda e crônica, com características distintas e importante atuação do sistema imunológico em cada uma, tanto com fatores protetores como patogênicos. O camundongo tem sido utilizado como modelo experimental para Doença de Chagas pois mimetiza a infecção humana em vários aspectos, e o desenvolvimento da doença varia conforme a linhagem do hospedeiro e a cepa do parasita utilizados. Assim, foi avaliada a infecção aguda e crônica pelas cepas G (TcI) e CL (TcVI) de T. cruzi com tropismo e infectividade distintos em duas linhagens de camundongos isogênicos (C57BL/6 e BALB/c), que demonstram diferentes graus de susceptibilidade a diferentes cepas de T. cruzi. Foi analisado o tropismo do parasita por diferentes tecidos, por meio de microscopia confocal e qPCR; e também foi avaliada a resposta do hospedeiro à infecção, pela análise das populações de linfócitos no baço e macrófagos peritoneais, além de quantificação de citocinas e quimiocinas séricas. Resultados de qPCR mostraram que a cepa CL instaurou a infecção mais rapidamente que a cepa G; ao mesmo tempo, a resposta de camundongos BABL/c, por meio da secreção de diferentes citocinas, teve início precoce comparado a C57BL/6. No pico da fase aguda, por microscopia confocal e qPCR foi observada a disseminação da infecção em todos os grupos analisados, com algumas diferenças com relação ao tropismo do parasita, e nesse momento também todos os animais mostraram responder a infecção pelo aumento da concentração de citocinas séricas, entretanto camundongos BALB/c aparentaram ter uma regulação melhor da resposta imune do que C57BL/6. De fato, na fase crônica, camundongos C57BL/6 apresentaram resposta exacerbada de citocinas e quimiocinas, além de diminuição na população de células T regulatórias. Assim, os resultados obtidos indicam que, nesses modelos de infecção experimental, a desregulação da reposta imune, típica de Doença de Chagas crônica, pode ser resultado da perda do controle entre citocinas pró e anti-inflamatórias ainda durante a fase aguda.