Este estudo avaliou as concentrações dos elementos traços metálicos Al, Cd, Cr, Cu, Fe, Mn, Ni, Pb e Zn em mexilhões da espécie Perna perna na Ilha Urubuqueçaba, baía de Santos, São Paulo, Brasil quanto a sazonalidade, sexo e classes de comprimento (3,5 - 5,5 cm; 5,5 - 6,5 cm; e 6,5 - 8,5 cm) com a finalidade de se verificar diferenças para estas variáveis. As coletas ocorreram no período de abril de 2010 a junho de 2011 em bancos naturais. A determinação da concentração dos metais foi realizada empregando o Espectrômetro de Absorção Atômica de Chama. O tratamento estatístico utilizou o Software PAST 1 com abordagens paramétricas e não-paramétricas utilizando p < 0,05 como significativo. As concentrações médias em µg.g-1 de peso seco obedeceram à seguinte ordem: Al (1250,77), Fe (599,91), Zn (90,39), Mn (7,79), Ni (7,72), Cu (5,46), Pb (1,28), Cr (1,25) e Cd (0,39). O verão apresentou maiores concentrações significativas para o Cd, Cu, Ni, Pb e Zn. O Cu teve tendência a apresentar maiores concentrações em mexilhões fêmeas e os demais elementos não apresentam diferenças significativas entre os sexos. As classes de comprimento que apresentaram concentrações com diferença estatística foram a 3,5 - 5,5 cm, para Al e Fe, e a 6,5 - 8,5 cm, para Cr. Somente o Cr apresentou concentrações acima do permitido pelas normas brasileiras que estabelecem concentrações para o consumo humano.