O presente estudo investigou o efeito dos padrões anômalos na pluviosidade (fenômeno La Niña 2011) sobre os componentes hidrológicos e os possíveis impactos dos mesmos sobre a densidade e diversidade da comunidade dos copépodos nos estuários do Taperaçu. As coletas foram realizadas durante marés de quadratura, em três estações fixas localizadas ao longo do estuário estudado (estuário superior-S1, médio-S2 e inferior-S3), utilizando para tal redes cônicas de plâncton com aberturas de malha de 120 μm. As coletas foram realizadas em outubro de 2010, agosto e outubro de 2011 (estação seca), bem como em fevereiro, abril e junho de 2011 (estação chuvosa). Neste estuário foi realizado um arrasto mensal por estação durante as marés enchente do período diurno, totalizando 18 amostras. O aumento anômalo de precipitação registrado no estuário do Taperaçu em 2011 ocasionou a redução da salinidade, o aumento das concentrações dos nutrientes dissolvidos e da biomassa fitoplanctônica. Estas condições exerceram um efeito direto sobre a dinâmica temporal dos copépodos, refletindo na observação de elevadas densidades de Oithona oswaldocruzi (169.090 ± 254.609 ind.m-3; p < 0,0001), Pseudodiaptomus acutus (301.133 ± 518.065 ind m-3; p < 0,05), Pseudodiaptomus marshi (329.391 ± 563.009 ind.m-3; p > 0,05), Oithona hebes (40.888 ± 64.893 ind.m-3; p < 0,05) e Acartia tonsa (10.680 ± 13.877 ind.m-3; p > 0,05), no mês de fevereiro. Observou-se também uma elevação na taxa de recrutamento de náuplios de copépodos durante este mês (3.088,309 ± 5.206,645 ind.m-3; p < 0,05), resultando, consequentemente, em valores mais elevados que os observados para as formas adultas. Este aumento na densidade foi responsável também pela redução dos valores de diversidade (2,4 ± 0,5 bits.ind-1; p < 0,05) e riqueza (9,7 ± 2,5). Este padrão anômalo na pluviosidade não só afetou a estrutura das comunidades dos copépodos, mas pode também ter provocado alterações na dinâmica alimentar em níveis mais elevados da teia trófica, tais como os representados por peixes zooplanctívoros. De forma geral, pode-se concluir que as variações temporais observadas na estrutura da comunidade dos copépodos foram principalmente controladas pelo efeito conjunto das variáveis climatológicas e hidrológicas, as quais modularam a dinâmica populacional destes organismos no estuário estudado.