O presente trabalho teve como objetivo avaliar a ocorrência da infecção por Clostridium perfringens e Clostridium difficile frente a outros enteropatógenos de relevância em cães, como parvovírus, coronavírus, rotavírus, Giardia spp., Salmonella spp. e Escherichia coli. Foram coletadas 154 amostras fecais, sendo 92 de cães diarreicos, oriundos de hospitais veterinários e 62 amostras de cães aparentemente saudáveis (controle). Dividiu-se os cães em quatro faixas etárias: 0 a 6 meses (imunidade passiva), 7 a 12 meses (estabelecimento da imunidade ativa), 13 a 60 meses (adultos) e maiores do que 61 meses (idosos). Após isolamento de C. perfringens em meio seletivo, realizou-se PCR para os seguintes genes: cpa, cpb, etx, iap, cpb2, cpe, netB, netE, netF e netG. As estirpes isoladas de C. difficile foram submetidas a ribotipagem e detecção dos seguintes genes tcdA, tcdB, tpi e cdtB. Realizou-se ainda ELISA para detecção das toxinas A/B em amostras de fezes de onde foram isoladas estirpes toxigênicas de C. difficile e, além disso, ELISA para a detecção da enterotoxina (CPE) nas amostras de fezes de cães que foram positivos para estirpes de C. perfringens cpe +. Para o diagnóstico diferencial de outros enteropatógenos, realizou-se a pesquisa de Salmonella spp. por isolamento; detecção dos patotipos de E. coli por isolamento seguido de PCR, e testes rápidos para detecção de Parvovirus canino tipo 2 (CPV), coronavirus canino (CCV), rotavirus canino (CRV) e Giardia spp. Não foi identificado nenhum enteropatógeno em 52,1% dos animais diarreicos e em 50% dos cães saudáveis. Houve uma associação positiva entre a presença do gene cpe de C. perfringens e a ocorrência de diarreia (p=0,006), sendo a toxina CPE encontrada em metade dessas amostras fecais. O gene codificador da recém descrita toxina NetE foi encontrado em 70% das estirpes de C. perfringens positivas para cpe, todas oriundas de animais com idade superior a 12 meses. A frequência de estirpes toxigênicas de C. difficile aumentou em cães com idade superior a 60 meses e o ribotipo 014/020 foi o mais frequente no presente estudo. Entre as coinfecções detectadas destacam-se dois casos em que os cães eram positivos para C. perfringens tipo A cpe+ e netE+netF+ e C. difficile, algo inédito na literatura. Este estudo sugere que C. difficile e C. perfringens são importantes nas diarreias em cães e podem ocorrer em coinfecções com outros enteropatógenos, inclusive entre agentes do gênero Clostridium.