Os quirópteros possuem grande diversidade de espécies, hábitos alimentares e abrigos. Em consequência da fragmentação ambiental estão cada vez mais se estabelecendo nos centros urbanos. O presente estudo foi realizado para verificar a ocorrência de tripanossomatídeos em morcegos capturados em dois bairros (Vila Luiza -VL e Nossa Senhora das Graças -NSG) e dois parques (Parque Estadual da Sapucaia- PMS e Parque Estadual da Lapa Grande - PELG) do Município de Montes Claros – MG, no período de abril de 2014 a abril de 2015. Foram capturados 1.100 morcegos pertencentes a quatro famílias: Emballonuridae (3,5%), Molossidae (10,3%), Phyllostomidae (75,9%), Vespertilionidae, (10,3%). Destes, 247 indivíduos foram utilizados para investigar a presença de tripanossomatídeos. Utilizou-se cultivo NNN∕LIT, com 2,1% (16∕741) positivos e 1,6 (12∕741) estabilizados e criopreservados. Os isolados foram identificados através da técnica de sequenciamento direcionada à região V7V8 do gene SSU rRNA como Trypanosoma dionisii (10∕14) e Trypanosoma cruzi (2∕14). A técnica da PCR foi adotada para amplificação do gene SSU rRNA e detecção de DNA de Leishmania nas amostras de sangue, pele, baço, fígado e medula. Para a identificação das espécies de Leishmania utilizou-se PCR RFLP hsp70 e Hae III, com positividade de 4,9% (7/144), sendo quatro amostras identificadas como Leishmania braziliensis e as outras tês não identificadas. O DNA das 7 amostras de tecido positivas pelo alvo hsp70, e o DNA das 247 amostras de sangue foram analisadas pela PCR direcionada a região V7V8 do gene SSU Rrna, que detecta a família Trypanosomatidae. As amostras positivas foram sequenciadas para identificação das espécies. A positividade de infecção por tripanossomatídeos, nos morcegos coletados, foi de 25,9% (64/247). Sendo que o gênero Leishmania foi representado pelas espécies Leishmania amazonensis (9,3%), Leishmania braziliensis (7,8%), Leishmania infantum (4,6%) e Leishmania sp. (4,6%), e o gênero Trypananosoma pelas espécies Trypanosoma dionisii (40,6%), Trypanosoma cruzi (4,6%), e Trypanosoma sp. (32,8%). O PELG e o bairro NSG, apresentaram o maior número de morcegos infectados por Leishmania sp., sugerindo a ocorrência dos ciclos silvestre e urbano destas espécies. Os parques PELG e PMS apresentaram maior positividade de espécies do gênero Trypanosoma indicando uma maior participação dos morcegos no ciclo silvestre destes parasitos. No presente estudo constatou-se a ocorrência da infecção de morcegos por tripanossomatídeos em diferentes áreas de Montes Claros, o que é de grande importância ecológica, epidemiológica, de saúde pública e sanidade animal.