A água é essencial para o desempenho do animal e pode interferir em vários processos de produção, tais como a saúde animal. Antimicrobianos são amplamente utilizados na produção animal e podem ser uma ameaça para a saúde humana e animal. Com isso, a pesquisa para detectar os genes de resistência a antibióticos (ARGs) em ambientes aquáticos é importante para identificar potenciais reservatórios microrganismos resistentes A metagenômica baseia-se na análise de moléculas de DNA genômico a partir de populações microbianas de amostras ambientais, e tem sido proposta por ser a técnica mais acurada para descrever as comunidades microbianas presentes em um habitat. Estudos em amostras de água de lagos de zoológicos e de consumo animal de água são escassos. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar a presença de genes de resistência aos antimicrobianos, qualidade da água de lagos de zoológico e de granjas de suínos e a diversidade bacteriana em águas de granjas de suínos. As amostras de água de oito fazendas de suínos e nove lagos de zoológico foram coletadas. Estas foram filtradas pelo sistema de bomba a vácuo e o DNA extraído dos filtros. A PCR foi realizada para seis classes de gene de resistência aos antimicrobianos: sulfonamidas (sul I e sul II), β-lactâmicos (ampC, blaPSE I e blaZ), macrólideos (ermA, ermB e ermC), meticilinas (mecA, femA e msrA), aminoglicosídeos [aac(6')-aph(2"), aph3'-III e ant(4')-Ia] e tetraciclinas [tet (K) e tet (M)]. DNA extraído a partir de amostras de água de sete granjas de suínos foram sequenciados e a análise metagenômica realizada utilizando o servidor MG-RAST. Todas as amostras apresentaram genes de resistência a pelo menos três das classes do antimicrobianos dos seis testados. Isto indica um perfil de resistência a múltiplas drogas na água que pode estar relacionado com o uso indiscriminado de antibióticos. Os genes sul I, sul II, blaPSE I, ermB e blaZ foram detectadas em todas as amostras Os aminoglicosídeos [aac(6')-aph(2"), aph3'-III e ant(4')-Ia] foram detectados em 87,5% de amostras; e ermA, femA e ampC em 75%. Não houve evidência entre a
presença de genes de resistência, análise microbiológica e físico-química; ou entre análise microbiológica (total e coliformes fecais) e a quantidade de genes de resistência. A água do zoológico também apresentou o perfil de multirresistência e turbidez, devido à presença de contaminantes. Os genes mais frequentes foram sulfonamidas (sul I e sul II) que estão presentes em todos os lagos e β-lactâmicos blaPSE I em 77,8% e ampC em 66,7%. O genes tet(K), tet(M) e ermC não foram detectados. Houve a correlação entre o número de enterobactérias e aumento na detecção do gene de resistência. As águas das granjas apresentaram uma diversidade bacteriana distribuídos em doze filos, e o mais frequente foram: “Bactérias não-classificadas”, Proteobacterias e Firmicutes. O filo “Bactérias não-classificadas”, mais abundante, pode estar relacionada com a influência das actividades humanas ou por causa da técnica 16S rDNA ser sensível para as espécies de baixa frequência e restrito a espécies conhecidas. As águas das granjas estão dentro do aceitável para o consumo animal. No entanto, a presença de genes de resistência antimicrobiana é alta, o que pode ter conexão direta com irrigação usando águas residuais das lagoas de decantação, associados com o uso indiscriminado de antibióticos. A provável fonte de contaminação dos lagos do zoológico são esgoto doméstico ou águas residuais urbanas provenientes residências vizinhas que aumentam a presença de coliformes e frequência de genes de resistência, que pode ser um risco para a vida dos animais selvagens em cativeiro. Foi relatada uma diversidade bacteriana das amostras e os resultados inesperados foram detectados, como a abundância de “Bactérias não-Classificadas”, que podem estar relacionadas pela ação antropogênica ou pela técnica que está limitada a espécies conhecidas.