Desde 1998 estudos vem sendo conduzidos nas imediações do Arquipélago de São Pedro e São Paulo (ASPSP), porém poucos avançaram além dos 250 m de profundidade. Portanto, uma pesquisa foi conduzida para investigar a biodiversidade e abundância de espécies de águas profundas no ASPSP. Consequentemente, oito expedidições foram conduzidas ao arquipélago, entre janeiro de 2012 e junho de 2014, atuando com três modelos de armadilhas de fundo. Além da composição taxonômica, foram estimados índices de abundância, em termos de captura por unidade de esforço (CPUE) e diversidade para espécies de águas profundas. Com o intuito de avaliar o efeito da estação de coleta, estrato de profundidade, tempo de permanência do aparelho de pesca na água e período do dia na distribuição, abundância e diversidade das espécies capturadas, foram realizadas análises através da aplicação de testes não paramétricos (Wilcoxon e Kruskall-Wallis) e estatística multivariada (análise de Similaridade de Bray-Curtis, ANOSIM e SIMPER). Durante os 57 lançamentos efetuados foram capturadas cinco espécies de crustáceos (Chaceon gordonae, Bathynectes longispina, Dromia bollorei, Homola barbata e Nematocarcinus gracilipes), 11 de peixes (Physiculus sp, Laemonema barbatulum, Nezumia sp, Coloconger meadi, Conger esculentus, Conger oceanicus, Cynoponticus savanna, Myroconger compressus, Pontinus nigropunctatus, Polymixia nobilis e Gymnothorax sp) e quatro de moluscos (dois Cephalopoda, um Bivalvia e o gastropoda Charonia variegata). Individualmente, o caranguejo-africano (Chaceon gordonae) apresentou uma elevada participação relativa (78,2%) nas capturas, seguido da espécie de peixe Physiculus sp (10,2%). Todas as outras espécies em conjunto responderam com 11,6% das capturas. Quando comparamos os valores de CPUE entre as armadilhas para cada fator, surgem diferenças claramente significantes principalmente entre os diferentes estratos de profundidade. Os valores de abundância das espécies demonstraram a presença de quatro grupos através do gradiente batimétrico e locais de coleta. Os resultados aqui apresentados, sobre distribuição, abundância e diversidade das espécies de profundidade no ASPSP são ainda incipientes, sendo, portanto, necessários mais esforços de pesquisa, com vistas a aprofundar a compreensão e o conhecimento acerca da fauna de águas profundas desse importante ecossistema insular.