Por serem ecossistemas artificiais, os reservatórios ocasionam acontecimentos não previsíveis no ciclo da água, determinando uma reorganização contínua das comunidades, fazendo com que não aconteça uma evolução de acordo com padrões equilibrados, comprometendo a produtividade do ecossistema. Com isso, o objetivo do trabalho foi avaliar a estrutura sazonal (chuva e seca) e temporal (entre os anos) da assembléia de peixes do reservatório de Santa Cruz, semiárido brasileiro e verificar se os fatores pluviosidade e nível do reservatório influenciaram na estrutura da assembleia de peixes. As coletas ocorreram trimestralmente entre fevereiro de 2010 e novembro de 2013 em oito pontos do reservatório, com rede de espera e malhas entre 12 e 70mm, expostas por 12h00min na água no período noturno. A abundância das espécies, foi transformada em Captura Por Unidade de Esforço em número (CPUEn). Uma matriz de similaridade foi construída com os dados de CPUE, usando coeficiente de similaridade de Bray-Curtis, apresentados em gráficos de ordenação de escalonamento multidimensional não-métrico (n-MDS) entre período de chuva (fevereiro e maio) e seca (agosto e novembro) e por anos. Análise Permutacional Multivariada de Variância (PERMANOVA) two-away foi usada para testar diferença estatística na estrutura temporal da assembléia de peixes. Na diferença estatística entre os anos, a Análise de Porcentagem de Similaridade nas Capturas (SIMPER) foi utilizada para identificar as espécies que mais contribuiram para a similaridade entre os anos. A assembléia de peixes do reservatório foi caracterizada usando os seguintes descritores: i) riqueza de espécies (S); ii) índice de diversidade de Shannon-Wiener; e iii) abundância (CPUE). Análise de Variância (ANOVA) foi usada para verificar se existiu diferença ao longo do período estudado entre os valores de H’, S e CPUE. Correlação de Pearson foi feita para verificar relação entre os dados de S, H’ e CPUE com a pluviosidade e o nível do reservatório. Todas as análises foram realizadas no soft R versão 3.1.2. e com nível de significância de p<0,05. Foram capturados 9.442 indivíduos de 3 ordens, 11 famílias e 21 espécies, sendo quatro espécies introduzidas. A ordem Characiformes foi a mais representativa em número de famílias e individuos capturados, a família Cichlidae foi a mais representativa em número de espécies. O gráfico de ordenação da n-MDS mostrou uma separação das assembléias de peixes e a PERMANOVA indicou diferenças significativas na estrutura das assembleias entre os anos e estações (chuva e seca), sem significância na interação entre os fatores. ANOVA não indicou diferenças nos dados de riqueza (5,75 mín. e 9,38 máx.), diversidade (1,47 mín. e 2,30 máx.) e CPUE (0,97 mín. e 7,45 máx.), no entanto, a correlação de Pearson mostrou relação negativa entre pluviosidade e nível do reservatório com o indice de diversidade e relação positiva entre nível do reservatório e CPUE. Concluímos que a estrutura da assembleia de peixes do reservatório de Santa Cruz variou sazonalmente e temporalmente e os fatores pluviosidade e nível do reservatório foram importantes na estruturação da assembleia.