A aquicultura tornou-se uma importante e lucrativa atividade agrícola, com grande interesse comercial e social, entretanto pode ser altamente impactante para o ambiente se não manejada de forma correta. O manejo adequado dos sistemas de criação de peixes em tanques e viveiros consiste na manutenção da qualidade da água, já que a produção de organismos aquáticos é dependente de subsídios externos como o aporte de nutrientes, gerando resíduos, cujo acúmulo no sistema, pode ser prejudicial ao peixe, à microbiota aquática e ao corpo receptor e efluente dessa atividade. Macrófitas aquáticas e o perifíton são importantes ferramentas agindo como biofiltros e minimizando as concentrações de material orgânico, influenciando na qualidade da água e nos organismos existentes. O objetivo desse trabalho foi avaliar a eficiência do tratamento da água de tanques de piscicultura e seus efluentes, utilizando macrófitas aquática e/ou perifíton, avaliando a influência destes na qualidade da água e consequente influência na comunidade planctônica. O trabalho foi realizado no Centro de Aquicultura da Unesp (Caunesp), onde foram utilizados 4 tanques de 40 m2 e 1,5 de profundidade, com tratamentos diferentes (macrófita e/ou perifíton) recebendo a mesma água de abastecimento. Foi observado que a presença dos tratamentos apresentou influência direta nas condições bióticas e abióticas dos tanques, atuando na riqueza e abundância das espécies planctônicas. Através dos resultados obtidos foi observado que a água do tanque sem planta aquática e/ou perifíton apresentou associação com temperatura, condutividade, ortofosfato, fósforo total, DBO5, coliforme termotolerante, nitrogênio amoniacal total, sólidos totais suspensos e turbidez, assim como o efluente, que também esteve relacionado a essas variáveis. O sedimento dos tanques acumulou concentrações diferentes de nutrientes e metais, e o tanque controle apresentou concentrações significativamente maiores de matéria orgânica, Cu, Fe, Mn, Zn. Essas condições proporcionaram a predominância da comunidade planctônica correlacionada positivamente à esses fatores, como Rotifera, Copepoda Cyclopoida, Cyanobacteria e Xanthophyceae, considerados organismos indicadores de ambiente eutróficos. No tratamento somente com macrófitas aquáticas, menores concentrações de nutrientes e maior transparência da água foram obtidos e consequentemente, com dominância do Copepoda Calanoida, Argyrodiaptomus furcatus, característicos de ambientes oligotróficos. O tratamento com presença de substratos para o crescimento da comunidade perifítica esteve associado ao nitrato, sólidos totais dissolvidos e oxigênio dissolvido, selecionando organismos planctônicos adaptados às condições oligo-mesotróficas da água, como Cladocera, Zygnemaphyceae e baixa densidade Rotifera. Através dos resultados obtidos, foi concluído que o uso de biofiltros, é uma maneira eficaz de minimizar os efeitos da aquicultura. Logo, o uso de biofiltros pode ser usado como ferramenta para minimizar os efeitos da produção de peixes, melhorando a água do próprio sistema de produção, mantendo as condições abióticas e bióticas adequadas para o crescimento saudável dos peixes.