O presente estudo teve como objetivo verificar a ocorrência de infecção pelo vírus da Artrite Encefalite Caprina - CAE e pela Leptospira spp., georreferenciamento de focos, fatores de risco e perfil zootécnico de rebanhos caprinos nas Regionais de Chapadinha e Itapecuru-Mirim - MA. No período de março de 2014 a janeiro de 2015, foram coletadas 1260 amostras de soro sanguíneo de caprinos de 126 propriedades distribuídas em 22 municípios nas referidas regionais. As amostras de soro foram submetidas ao teste de Imunodifusão em gel de Ágar (IDGA) para diagnóstico da CAE e à técnica de Soroaglutinação Microscópica (SAM) para diagnóstico da leptospirose. Foi aplicado um questionário sócio-epidemiológico, para o proprietário e/ou responsável de cada rebanho, a fim de determinar o perfil zootécnico da caprinocultura e os fatores de riscos associados aos agentes em estudo. Para CAE os resultados indicaram que das 1260 amostras sanguíneas e dos 126 rebanhos avaliados 0,39% e 3,17% (respectivamente), foram reagentes. Na Regional de Itapecuru - Mirim somente Cantanhede com 40% (2/5) e Pirapemas com 20% (1/5) apresentaram prevalência. E na Regional de Chapadinha, tanto o município de Brejo quanto o de Magalhães de Almeida apresentaram prevalência de 20% (1/5). Para leptospirose houve prevalência de 93% de 630 animais e 100% dos 126 rebanhos. Nas duas regionais, os sorovares responsáveis pelas maiores frequência de positividade foram Sentot com 36,03% (227/630), Autumnalis 35,56% (224/630), Andamana 26,67% (168/630), Pomona 25,87% (163/630), Hardjo 24,60% (155/630), Hebdomadis 21,59% (136/630) e Shermani com 20,79% (131/630). Em relação aos fatores de risco verificou-se que a maioria dos rebanhos reagentes para CAE era criado conjuntamente com ovinos e em sistema semi-intensivo, possuía aptidão para corte e não possuía raça definida. Somente uma das propriedades com animais reagentes exigia documentação sanitária obrigatória, realizava o teste sorológico para a CAE de forma esporádica, participava de eventos agropecuários e possuía assistência técnica regular fornecida por órgãos públicos. Quanto aos fatores de risco para a leptospirose observou-se que a maioria dos rebanhos reagentes era criado em sistema extensivo em pastejo contínuo, em contato com áreas alagadas e com outras espécies de produção (bovinos, ovinos e suínos) além de equinos, cães e gatos. A maioria dos rebanhos não possuía assistência técnica adequada e não praticava manejo sanitário apropriado. Os resultados obtidos indicam a baixa frequência de CAE e alta frequência de Leptospirose, nas regionais de Chapadinha e Itapecuru-Mirim, onde a caprinocultura reflete a subsistência com pouca intervenção do criador e produtividade.