Introdução: Acredita-se que alterações na microbiota intestinal e suas repercussões no sistema imunológico possam ser um dos fatores envolvidos na gênese das doenças alérgicas.
Objetivo: Estudar a microbiota fecal de escolares com doença respiratória alérgica e sem doenças alérgicas.
Método: Estudo transversal com 105 crianças da Região Metropolitana de São Paulo (5 a 11 anos), sendo 47 com doença alérgica respiratória e 58 controles. Foram aplicados inquéritos para obtenção de dados demográficos, socioeconômicos e neonatais. O diagnóstico de doença alérgica foi estabelecido pelo questionário do ISAAC (International Study of Asthma and Allergies in Childhood). Avaliou-se o estado nutricional pelo cálculo do IMC (índice de massa corporal). Eubactérias totais, Bacteroidetes, Firmicutes, B. fragilis, E. coli, Lactobacillus spp., S. aureus, E. faecalis, Salmonella spp., M. smithii, Bifidobacterium spp., C.difficile e C. perfringens foram quantificadas em amostras de fezes por PCR-tempo real. Resultados: Das 47 crianças alérgicas, 40,4% apresentavam asma ativa, 38,3% rinoconjuntivite e 21,3% asma e rinoconjuntivite associadas. Após estudo de regressão logística múltipla, as variáveis associadas à doença respiratória alérgica foram pertencer às classes socioeconômicas A e B (OR=4,06; IC95%: 1,45-11,35) e ter antecedente materno de atopia (OR=3,62; IC95%: 1,48-8,80). A mediana de Eubactérias foi menor nas crianças alérgicas (1,15x1013 e 8,49x1013), mas sem significância estatística (p=0,065). As contagens de E. coli (0,38x109 e 1,52x109; p=0,038) e de M. smithii (0,05x108 e 0,31x108; p=0,007) foram menores nas crianças com doença respiratória alérgica.
Conclusão: A microbiota fecal de escolares com doença alérgica apresenta menores contagens das bactérias E.coli e M. smithii.