A maioria das pesquisas para diagnóstico e avaliação da lentiviroses se baseia na identificação, direta ou indireta, da proteína viral no sangue, leite, sêmen, saliva ou tecidos. Trabalhos com proteômica avaliando as lentiviroses são escassos. A princípio, a análise, detecção e/ou avaliação do vírus são realizadas a partir, principalmente, de amostras de sangue, sendo a maioria dos estudos realizados relacionada ao HIV. O perfil proteico do plasma seminal de pequenos ruminantes associado com índices reprodutivos já foi determinado, mas trabalhos correlacionando a presença dessas proteínas no sêmen à Artrite Encefalite Caprina (CAE) são escassos. Na primeira fase desse trabalho foi avaliada a atividade das metaloproteinases (MMPs) no sangue por meio da zimografia (eletroforese unidimensional) e, na segunda fase, o trabalho objetivou analisar o perfil proteico do plasma seminal de caprinos soropositivos cronicamente para a CAE e identificar proteínas presentes no plasma seminal relacionadas com a enfermidade que possam ser utilizadas no futuro como possíveis marcadores da doença. Para tanto, foi realizada a eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D-PAGE) e espectrometria de massa de amostras de plasma seminal de reprodutores soropositivos crônicos para a CAE. A zimografia mostrou alta atividade das MMPs (MMP-2 e MMP-9) no grupo soropositivo. A avaliação seminal mostrou não haver diferença estatística para os parâmetros volume, motilidade e vigor (respectivamente, 0,97A ± 0,61; 82,78A ± 7,52; 3,89A ± 0,58) entre grupos; porém existente para a concentração espermática (4,22B ± 0,71). A análise bidimensional dos géis mostrou grande número de spots em ambos os grupos avaliados, porém com maior número nos animais soropositivos. A cronicidade da CAE em reprodutores caprinos pode ter sido a responsável pela maior expressão e atividade das proteínas no sangue (MMP-2 e pro-MMP-2) e plasma seminal. A espectrometria de massa permitiu identificar no plasma seminal proteínas de resposta imune, relacionadas, possivelmente, ao quadro crônico da doença.