Agentes das Ordens Rickettsiales, Haemosporida e Rhizobiales são causadores de enfermidades que acometem várias espécies animais, podendo representar um risco à saúde dos mesmos, inclusive de seres humanos. Aves carnívoras podem infestar-se e infectar-se com muitas espécies de parasitas, incluindo-se carrapatos e hemoparasitas, sendo os hábitos de predação fatores de favorecimento à transmissão e translocação de diversos agentes etiológicos. O objetivo deste estudo foi pesquisar, por meio de métodos indiretos (Reação de Imunofluorescência Indireta – RIFI) e diretos (esfregaços sanguíneos, PCR em Tempo Real e PCR Convencional) os agentes das Famílias Anaplasmataceae (Ehrlichia, Anaplasma, Neorickettsia), Bartonellaceae (Bartonella spp.) e Ordem Haemosporida (Plasmodium, Haemoproteus e Leucocytozoon) em ectoparasitas e amostras de sangue de aves carnívoras, realizando-se um estudo filogenético dos agentes encontrados. Para tanto, procedeu-se à colheita de 121 amostras de sangue total e 88 amostras de soro de aves pertencentes às Ordens Accipitriformes, Falconiformes, Strigiformes e Cathartiformes, capturadas nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro. Em relação aos ectoparasitas, foram recolhidas três larvas e uma ninfa ingurgitada de carrapatos do gênero Amblyomma de um gavião carijó (Rupornis magnirostris) no Estado de São Paulo. Na RIFI para E. chaffeensis e A. phagocytophilum, 03 (3,41%) e 05 (5,68%) amostras apresentaram sororreatividade, respectivamente. Todas as amostras testadas na RIFI para E. canis mostraram-se negativas. Na avaliação de esfregaços sanguíneos corados pelo Giemsa, não foram encontradas estruturas compatíveis com hemoparasitas. Em relação a PCR em Tempo Real (qPCR), não foram encontrados animais PCR positivos para Ehrlichia chaffeensis (gene vlpt) e Anaplasma phagocytophilum (gene msp-2). Na qPCR Multiplex para Ehrlichia spp., Anaplasma spp. (gene groE) e Bartonella spp. (gene nuoG) observamos 12 amostras positivas para Anaplasma spp. (9,91%). Na PCR convencional baseada no gene 16SrRNA de Anaplasmataceae e no gene citocromo B para hemosporídeos, oito aves foram PCR positivas para Ehrlichia spp (6,61%, sendo cinco na PCR para E. chaffeensis e três na PCR para E. canis), três para Haemoproteus spp (2,48%) e uma para Plasmodium spp (0,83%). Na análise filogenética, quatro amostras de Ehrlichia spp. posicionaram-se no mesmo ramo de Ehrlichia identificadas em animais selvagens no Brasil e de um isolado humano nos EUA. Para os agentes estudados, a diversidade genética entre as linhagens dos hemoparasitas em estudo interferem enormemente no diagnóstico específico, sobretudo quando apenas é utilizado o diagnóstico molecular. Apesar da baixa frequência de aves infectadas pelos referidos patógenos e infestadas por carrapatos, as aves carnívoras estão expostas à infecção por agentes da Família Anaplasmataceae e Ordem Haemosporida, podendo carreá-los em seu habitat.