O gênero Scinax (Anura: Hylidae) possui atualmente 114 espécies descritas, ampla distribuição, e sua diversidade está associada a diferentes habitats que suas espécies podem ocupar, desde áreas abertas até florestas. Dois clados de espécies são reconhecidos nesse gênero: Scinax catharinae, com a maioria das espécies ocorrendo na Mata Atlântica, e Scinax ruber, com ampla distribuição em diferentes biomas. Neste trabalho analisamos geneticamente espécies de Scinax que ocorrem em diferentes biomas brasileiros. As análises citogenéticas das espécies pertencentes ao clado Scinax ruber, demonstraram o número diploide de 2n=24 cromossomos e número fundamental de FN=48. A região organizadora de nucléolo foi identificada na maioria das espécies no cromossomo 11, característico das espécies pertencentes ao clado S. ruber, contudo as espécies da região amazônica Scinax garbei e Scinax boesemani apresentaram a marcação no cromossomo 8. Verificamos diferenças cromossômicas na espécie S. eurydice, nas populações da Bahia e de São Paulo. A identificação molecular confirmou a presença de uma espécie candidata pertencente ao clado S. catharinae na porção sudoeste do Cerrado brasileiro, na Chapada dos Guimarães, Mato Grosso. Na Mata Atlântica a presente análise reconheceu 16 espécies de Scinax, e destas, cinco foram consideradas espécies candidatas (UCS). Os morfotipos Scinax sp.1, Scinax sp.2 e Scinax sp.3 foram confirmadas e foi revelado a existência de duas espécies crípticas na espécie nominal Scinax argyreornatus. Na região amazônica 17 espécies foram identificadas, através do DNA barcode, destas seis são táxons crípticos, duas espécies candidatas e cinco
espécies foram observadas em áreas ainda não relatadas. Espécies crípticas foram detectadas nas espécies nominais S. garbei e S. nebulosus, que pelas análises genéticas formaram três e cinco agrupamentos, respectivamente. As espécies S. chiquitanus, S. proboscideus, além de táxons ainda não descritos, identificados em estudos anteriores, foram reconhecidos em áreas ainda não relatadas da região Amazônica. Duas espécies candidatas foram reveladas nesse trabalho: Scinax sp. 1 e Scinax sp. 3. A estrutura genética e o processo de diversificação de diferentes populações da espécie Scinax x-signatus foram estudados, e os dados revelaram três grupos de populações com ausência de fluxo gênico entre estes. O primeiro grupo foi
formado por amostras coletadas em diferentes localidades da Caatinga (CAA) e Mata Atlântica (MA), e o segundo e o terceiro grupo foram formados por amostras da Amazônia, localidades de Bragança e Capanema (AM G1) e Santarém, Alter do Chão e Soure (AM G2). Possivelmente o fluxo gênico entre os grupos CAA+MA e Amazônia foram interrompidos devido às diferenças ambientais entre esses biomas (mais significativas do que as diferenças entre a Caatinga e Mata Atlântica), e além disso, evidenciamos o isolamento das populações
amazônicas, AM G1 e AM G2, devido a uma barreira geográfica (Rio Tocantins). Os resultados desse trabalho comprovam a eficiência das ferramentas genéticas na identificação de espécies em áreas endêmicas do Brasil.