A uveíte infecciosa é uma doença de grande morbidade ocular e cegueira em pacientes imunocompetentes e imunossuprimidos em vários países. O uso do PCR em tempo real (qPCR) foi demonstrado por vários grupos como forma de diagnóstico das uveítes infecciosas causadas por parasitas, vírus, bactérias e fungos com alta sensibilidade. A técnica permite o diagnóstico de uveítes infecciosas atípicas que não podem ser diagnosticadas e diferenciadas somente pelo exame clínico. O objetivo deste estudo foi analisar a técnica de qPCR na detecção de Herpes simplex (HSV), varicela zoster (VZV), citomegalovírus (CMV), Toxoplasma gondii (TOXO), e M. Tuberculosis (TB), para o diagnóstico diferencial de pacientes com uveíte infecciosa. Este estudo foi dividido em duas fases. Na fase I foram recrutados 27 pacientes de ambos os sexos com diagnóstico de uveíte posterior de causa infecciosa; na fase II foram recrutados 90 pacientes de ambos os sexos, dos quais 65 tiveram diagnóstico de toxoplasmose ocular, e 25 pacientes foram utilizados como controle (uveítes infeciosas de outras causas e não infecciosas). Todos os pacientes foram recrutados do Departamento de Oftalmologia e Ciências Visuais da EPM/UNIFESP. Foi realizada a extração de DNA nas amostras de plasma (somente na fase I), sangue, humor aquoso e humor vítreo. Na fase I, os resultados mostraram T. gondii, CMV, VZV e HSV em 19,2% no humor aquoso, e em 30% no humor vítreo. No plasma e no sangue, somente CMV foi detectado (11,1% e 3,7%, respectivamente). A qPCR foi capaz de confirmar a hipótese diagnóstica em 26% dos pacientes com uveíte posterior de causa infecciosa. Na fase II, de um total de 65 pacientes, 57% foram qPCR positivos para T. gondii, considerando todas as amostras analisadas (sangue, aquoso ou vítreo). A análise do vítreo foi positiva em 40% e o aquoso foi positivo em 58% das amostras. A análise do sangue foi positiva em 25%. No grupo de toxoplasmose onde o sangue e o aquoso foram coletados, a qPCR foi positivo em 68% dos pacientes: 45,1% somente no aquoso, e 19,4% foram positivos no sangue e aquoso simultaneamente. O grupo com as três amostras estudadas, a qPCR foi positivo em 41,7%: 16,7% somente no vítreo, 16,7% no aquoso e vítreo, e 8,3% no sangue e aquoso. Na primeira fase do trabalho a qPCR foi capaz de detectar o DNA dos patógenos com maior sensibilidade no humor vítreo. Na segunda fase do trabalho, a sensibilidade foi maior no humor aquoso. A qPCR nas amostras de sangue permitiu detectar o DNA de patógenos causadores de uveíte infecciosa, porém, devido a baixa sensibilidade, não foi uma amostra útil para complementar o diagnóstico clínico. Em conclusão, a qPCR pode ser uma ferramenta útil para o diagnóstico de uveítes infecciosas, ajudando no tratamento apropriado de doenças oculares. Este estudo mostrou que os fluídos oculares apresentam melhor precisão no diagnóstico molecular de uveítes infecciosas, porém o humor aquoso se mostra com diferencial positivo por ser menos invasivo durante a coleta. Além disto, a qPCR confirmou o diagnóstico clínico inicial da maioria dos pacientes deste estudo.